到了長江口，徐光啓更加喫驚地發現，有上千艘各種船隻在忙着轉運貨物和人員.曹泰得意地告訴他：“我軍在江南與百姓相處甚爲和諧，我公司提倡公平貿易，現銀交易絕不拖欠，各處商家、小販都願意與我們交易。徐大人看到了嗎，這些商船運輸的都是我們在江南收購的貨物，其大宗者有生絲、絲織品、瓷器、白糖、果品、鹿皮以及各種日用珍玩等，我們公司將這些貨運銷海外，而換取大量白銀以及胡椒、蘇木、香料等回國出售。您看到的那些去金陵的我公司商船，運載的就是從海外帶來的各種貨物。”
江南之富庶，徐光啓是本地人，自然是知道的。可他沒有預料到中華公司的實力竟然已經達到如此程度：上千艘船在長江江面上來來往往，搬運的是江南的財富。中華軍沿途大把撒銀子，把長江下遊沿岸的幾乎所有船隻都僱用了，大批長江上的漁民水手紛紛加入到這支空前龐大的商業運輸船隊中去。
在江面上遊弋的飛字號、鎮字號鉅艦，那巨無霸一般的船身以及兩舷上下數排的炮窗，給徐光啓的震動也很大，他不由地對兵科給事中趙興邦說：“中華公司船堅炮利，僅此一艘戰艦，就可抵我水師所有的戰船了。”
趙興邦蒼白着臉說道：“徐大學士有所不知，你被海寇困在天津的時候，我朝廷水師艦船，已經基本上被他們全部摧毀了。現在官軍水師戰船，僅僅能在武昌、漢口一帶活動”
徐光啓一行在南京燕子磯登陸上岸，前來迎接的是南京士紳官民的代表，中華軍沒有出面。那些士紳官民代表都是在南京城陷之日，無奈被困在城中的。他們見到徐光啓，紛紛上前訴說苦衷，請求朝廷對他們網開一面，並且和海商們早日達成和議，他們也好脫離被軟禁的境地。
兩天後，金陵城應天府衙之內。
“開海裕國、通商富民，這本是利國利民的大好事，無奈朝廷不允，纔有此次戰事。徐大人此來招撫，是我等沿海商民的福分”尹峯與徐光啓一見面，開門見山就直奔主題，沒有什麼寒暄和客套。徐光啓絲毫不以爲意，以一種平等相待的態度與尹峯拱手見禮。這使得一邊站着的曾山、徐鴻基等人有點意外，不由地對徐光啓很有好感。
徐光啓見尹峯身後站着幾名西洋傳教士：尹峯的私人顧問陸若漢、臺灣副主教金尼閣。金尼閣是利瑪竇的追隨者，和徐光啓比較熟悉，兩人當下也以天主教禮節見禮。
談判很快直入主題：尹峯代表中華公司同意與朝廷停戰，並且從兩京撤軍。但是，他要求自己的六大誓約得到朝廷的批準，作爲中華公司商人的特許權利。
同時，中華公司要求朝廷釋放所有因爲海禁入獄的犯人，包括那些在前一年海禁大起時被官府抓捕的華興聯號、華興銀號、錢莊的掌櫃、夥計，以及那些和公司有關的商人。當然，所有與中華公司有關的商號、錢莊、銀號恢復營業，並且官府負責發回被查抄的物資錢財。
最後，中華公司在撤離南京後，要求在江南擁有駐軍，控制長江口。所有沿海島嶼，全部劃歸中華公司管轄，冊封尹峯爲靖海王。
徐光啓無奈地搖搖頭：“尹船主，您這是獅子大開口，這等條件，朝廷萬萬不可能答應的朝廷拍我等前來，是來招撫沿海商民的，我們還是先來談談你們何時從兩京撤軍的事吧！”
尹峯呵呵冷笑，自己手中有大把的好牌，談判的主動權在自己手中：“徐大人，這話是什麼意思？朝廷如沒有談判的誠意，那麼我們並不在乎繼續開戰。”
尹峯的風格適合做商人，政治上討價還價和商業貿易的討價還價，還是有區別的。特別是在中國，儒家傳統中注重名正言順的問題。
在第一天就把談判談崩了之後，尹峯退出了談判桌，讓曾山以中華公司董事會總書記官的身份與徐光啓繼續談判。尹峯離開後，大明朝廷的談判官員提出了身份對等的問題，要求和尹峯直接談判-畢竟，朝廷是派出了一位二品大員來談判的。曾山則提出，大明朝廷只能是來和談的，不是招撫。
就這樣，在有關談判的程序性問題上，雙方糾纏不清，整整耗費了十天時間。朝廷方面的談判主持者換成了趙興邦，他是典型的儒生做派，非得把談判的主旨定下來，名正言順後才能開始實質性談判。
徐光啓從他的天主教教友這裏得知：在南洋、呂宋、臺灣，中華公司面臨着很多問題，他打定主意想以拖待變，指望中華公司因爲海外殖民地的問題而首先在談判中讓步。
而尹峯這邊也是打着同樣的主意。
一開始尹峯就很明顯是在故意拖延談判。曾山、徐鴻基、趙鐵等人都來詢問他，他故作神祕地說：“你們暫且等着瞧，沒多久，朝廷就會來求着我們談判了。”
衆人對於尹峯的戰略眼光一向佩服，但是尹峯面對政治鬥爭時，經常有門外漢的表現。所以大家將信將疑，但是尹峯就是拖延着談判，一點也不着急的樣子。曾棋在臺灣發來急信，要求南線部隊抽調一部分水軍艦隊回臺灣，因爲又有一批倭人天主教徒流亡者到達臺灣了。
南洋各地的局勢也不穩定，澳門的葡萄牙人派來使者，請求中華公司出面，幫助他們對付圍攻馬六甲的荷蘭人及英國人。荷蘭人與英國人此刻正在歐洲沿海較勁，但是在遠東他們爲着共同的利益聯手攻打馬六甲，想把葡萄牙人佔據了多年的印度洋通道搶過來。
無論衆人如何着急，尹峯卻不着急。
在徐光啓到達南京的第二天，尹峯接到了北線部隊情報總管曾慶的密報：遼東邊牆之外有大事發生。
等到了談判開始的第十天，更加確切的消息通過飛鴿傳書系統傳到了南京：建州女真部落的努爾哈赤造反了，女真八旗部隊一舉攻佔了開原、瀋陽、撫順！
萬曆四十三年（1615年），努爾哈赤已經建立八旗制度；次年，農曆丙辰年歲首，建州女真在隆重的儀式上，由額爾德尼巴克什宣讀文書，給努爾哈赤上了“奉天覆育列國英明汗”的尊號，女真正式建國稱汗。而此時，朝廷上下忙着內爭，忙着海禁，雖然有官員對遼東局勢十分警惕，但是沒有引起太大反響。畢竟，對於整個大明朝廷而言，遼東局勢只是衆多棘手問題中的一項。
尹峯仔細回憶自己的歷史課：原本的努爾哈赤，也是在今年（萬曆四十六年）開始正式反叛明朝的。實際上，當時的朝鮮曾經嚮明朝廷報告：努爾哈赤立國後，便把大明稱作了“南朝”，用自己建元的天命年號，自稱一國之主。但是，明朝依舊沒有對他動手，還是保持着雙方的和平相處局面。
尹峯有時想：大明朝廷幹嘛非得對海禁這麼上心，千方百計逼着我造反？瞧瞧人家努爾哈赤，建國立年號了，朝廷都不去管他。他把這份絕密的情報遞交給曾山，說道：“瞧瞧，努酋造反，多半也是乘着遼東軍入關作戰，邊牆防守空虛的機會。他應該感謝我們出兵兩京，給了他造反的機會。”