本年（萬曆四十六年）三月，八旗兵首先突襲撫順.
撫順城是屬於瀋陽中衛所屬的千戶所，洪武十七年(1384年)建城，周圍僅三裏，但它是當時遼東城(遼陽)以東的邊防重鎮，朝廷與建州三衛往來的要衝。城東二十裏的馬市是建州女真與明朝直接統治下的漢人互市貿易的場地。撫順城西距瀋陽八十裏，西南距遼陽，西北距開原，均約二百餘里，在防守與進攻上與這些地方都可構成特角之勢。其東即爲女真之地，尤其是沿蘇子河溯流而上，水陸兩路可直達努爾哈赤的老營赫圖阿拉。明朝廷與女真後金任何一方想之戰守，皆不能捨棄此地。
努爾哈赤出兵前，祭祀天地、毫無創意地宣告七大恨-尹峯開創了個先例，現在有人模仿了。
關內局勢一片混亂，遼東軍精銳抽調入關作戰，對於這個六十歲的奸雄來說，是一個絕好的機會。因此，他匯合了蒙古部落騎兵，以八旗兵爲前鋒，蒙古族賣馬人爲內應，一舉襲佔撫順，撫順遊擊李永芳投降。
然後，防禦兵力空虛的開原、瀋陽陸續被八旗兵攻佔。在京師城東喫了敗仗的遼東總兵張承胤帶兵緊急出山海關援救瀋陽。明軍一萬人，偏偏還要分三路追擊，結果列陣迎敵時明兵連放火器，犯了**病，敵人在射程外就開始亂放火器，傷害不到敵人，卻使自家兵手忙腳亂。後金八旗兵奮勇射擊，充分發揮他們的騎射長技，一舉沖垮了明軍三個方陣。
與中華軍作戰，由於中華軍也是步軍爲主，一旦戰敗明軍腿腳快還能逃出生天。可是在撫順邊牆外，由於八旗主力爲騎兵，明軍潰敗後連跑也來不及，結果總兵張承胤、副將蒲世芳皆戰死，將士死者上萬人，生還者百無一二。
八旗兵連戰連捷，乘着遼東邊軍兵力空虛，一直抄掠道遼陽才返回。
建州女真正式扯旗造反，這近在咫尺的反叛勢力已經在直接威脅遼東都司轄區，遼東的後方就是京師。這一下大明朝廷上上下下徹底地感到了危機感。相比之下，中華軍基地遠在東南海上，雖然能夠打到兩京城下，但一直要求和談的，現在看來已經不是什麼心腹大患了。
在六部九卿緊急會商後，首輔方從哲向萬曆皇帝遞交奏摺，要求適當地答應海寇的條件，迅速集結兵力出關，平定女真部叛亂。
萬曆皇帝硃筆批準，並派太監發中旨，以最快速度去南京通知徐光啓一行人。早先，徐光啓一到南京，就向北京發出奏章，報告說海寇談判條件實在是太離譜，談判可能會曠日持久。現在，朝廷催促他儘快完成議和，只要能讓中華軍撤離兩京，相應的條件都可答應；例外的有三條：封王絕對不許、海禁可以開但商民絕對不許有權議政、割讓江南絕對不許。
八旗兵佔領撫順後，過了兩個月，徐光啓一行人通過淮陽明軍的塘報才知道了此事。同時，萬曆帝派出的欽差特使以八百裏快馬趕到揚州，通過中華軍的防線後來到南京城。這樣，徐光啓等人就接到了萬曆帝關於處置談判事宜的中旨。他大爲失望：這三不許，除了同意開海禁外，基本上就否定了中華公司的主要談判條件。這讓他拿什麼去談判？他已經在南京待了一個多月，談判一直沒有實質性進展。
而中華軍對江南的控制更加穩定，甚至開始在南京城內開辦紡織工廠、絲織作坊，公開設立學校，公開教授西學、雜學。雖然在徐光啓看來，教授國人西方傳來的幾何數學、天文科技等東西是好事，但是這應該是朝廷做的事，一個反叛的商民團體做這些事，算是怎麼回事？
雖然正式的停戰命令還未下達，中華軍和官軍在各地現在都平安無事，和平相處。這樣的和平局面顯得非常的詭異，因爲中華軍是有實力進一步拓展控制區的，而官軍則也是有能力騷擾中華軍統治區的，但是雙方基本上全線停戰，連小規模的衝突都很少了。
根本原因在於，現在的戰爭前線已經變成了貿易場所。湖廣的大米、木材、山西的煤等運往長江下遊，由於戰爭這航路已經中斷。如今，在兩軍控制區交界處，成了這些貨物的交易場所。在太湖沿岸、湖州城北，就在官軍眼皮子底下，無數百姓、商人自發形成了幾處貿易市場，每天南來北往無數民衆，在這臨時籬笆牆圍起來的市場內交易絲絹、蠶繭、茶葉、糧食米麥、豬鴨魚肉以及鐵器、銅器、金器等各種手工藝品，中華公司銀號錢莊也在此開設臨時分號，中華公司的銀票和刻了印的銀子是通用貨幣。
參與交易的有明軍官兵，他們脫了兵衣就成了商販。常常有官軍軍官把軍糧和軍中鐵器拿來與中華公司商人交易，換回白花花的銀子。市場籬笆牆北端由中華軍士兵把守，南端出口常常是明軍官兵守衛，兩邊互不干擾。
中華軍士兵不能經商，但是他們有責任保護自家商人經商，這是中華軍成立的宗旨之一。
而在兩軍交界處，本來那些屬於官軍控制區的民衆，聽說了中華軍三年免稅的政策，紛紛舉家遷往中華軍控制區。明軍一開始還向控制一下這種傾向，結果很快兵營中出現了逃兵，士兵們也想冒險逃亡中華軍控制區，然後再把家人遷去。兩軍交界的千餘里地，哪裏都是空隙，官軍無力全面封鎖，最後那些領兵軍官也就睜一隻眼閉一隻眼，防備中華軍進攻還來不及呢，這些流民就隨他去吧。
中華公司以商業爲主要收入，對農業主要是扶持管理；而明朝政府收稅對象主要是農民，對於官商把持的商業貿易，不想也無力徵收賦稅。兩廂一比較，雖然中華公司治下的農民也是窮人，但是至少喫穿不愁，明顯獲得了較多的中下層明朝民衆的擁護。
徐光啓不能離開南京城，但是從陸陸續續來拜訪他的鄉親故交這裏，多少知道了這些情況。和談遲遲不能達成，而中華公司深入人心的政策正在獲得民衆的好感，這是對明朝極爲不利的局面。在徐光啓看來，他不認爲遼東邊疆的叛亂比中華軍叛亂更重要。
徐光啓正在苦惱的時候，朝廷由內閣簽發的正式詔令，由戶科給事中姚宗文、司禮監太監馬原攜帶者，通過揚州中華軍佔領區來到了南京。
姚宗文爲萬曆三十五年（1607年）丁未科二甲三十九名進士，由庶吉士授戶科給事中。此人爲慈溪人，爲人圓滑狡詐，是方從哲的親信。中華軍攻至京師時他被方從哲派去保定檢閱勤王兵馬。他不知軍務，只知索賄，人品極差，因爲剋扣軍糧差一點引起兵變，多虧方從哲力保他才無事。他屬於浙黨一派，如今奉命出使南京，是方從哲照顧他，讓其出京躲開言官們的彈劾。
朝中諸大臣中，徐光啓比較看不起此人，但如今也是沒辦法，只好打起精神迎接姚宗文。
在聽了徐光啓的一番抱怨後，姚宗文只是冷笑：“徐大人，你難道忘了出京前，首輔方大人的話？”
“什麼話？”徐光啓肅然，沉下臉問道。
“許你便宜行事。”
“有聖上的三不許在，如何便宜行事？”