春寒料峭的渤海岸邊，在漫長的海灘泥潭上，用木材、樹枝、甚至是門板、屋樑鋪設出了十餘條臨時棧橋.數以萬計的人正在排隊等待上船，大多數是農民打扮的普通老百姓。
官軍收復京衢之地後，對當地百姓強行增收糧餉賦稅，動輒以“通匪”爲名搶劫殺人。那些在中華軍佔領期間曾經爲中華公司做過事的文士，更是遭到了那些官吏的報復。一些被中華軍殺掠一空的地主鄉紳的親友，也站出來檢舉這些爲中華軍做過事的士子。而各級官府返回其管轄地後，首先第一件事就是開徵“海餉”。戰爭期間躲在鄉下的胥吏衙役又回來了，他們變本加厲、層層加碼地增收各種稅，想要彌補一下中華軍佔領期間的損失。
萬曆四十六年年初的幾個月裏，京衢地區一片混亂，相比中華軍佔領期間的情況，百姓們絕望地發現：他們心目中正統的朝廷官吏和官軍，比那些所謂海寇還要狠毒。於是，乘着中華軍還在天津衛，大批的百姓逃離家園，前來投奔中華軍。
好在陳衷紀比較注意保障部隊撤退時的安全，派出了騎兵部隊日夜不停在天津衛和大沽口沿線巡邏，偵查兵遠遠地前出到了武清、保定等地。官軍不敢與他們交手，遠遠地躲着他們，因此官軍在前線並未形成一條封鎖線，大批民衆因此成功逃離大明官府控制區，投奔到了中華軍控制區。現在，中華軍只控制了天津衛到大沽口這沿運河而下的狹長地帶，便於發揮中華軍水上優勢，利用河道快速撤軍。不過，他們的部隊拉得有百多里長，兩邊沒有縱深可言，陳衷紀這樣做是有點冒險的。他賭得就是官軍不敢主動發起進攻，事實也確實如此。
大批逃難者的到來給中華軍出了難題。以尹峯的性格，他是不會放棄任何投奔者的。陳衷紀接到了海魂號飛剪船帶來的尹峯書面命令，要求很明確。
陳衷紀不得不命令第一艦隊琉球分艦隊派出炮船和輔助船來渤海邊運人。他還把中華公司由日本返航的十餘艘商船徵用了。商船的貨物被卸下船，堆放在那霸港的倉庫內，然後緊急駛往渤海灣，運載那些難民。北線中華軍的撤退速度因此大大放慢，一直到四月份依舊還在不斷運送難民離開京衢。
徐光啓是三月份來到大沽口海灘邊的。
他在官復原職後，一口氣上了三個摺子：乞請朝廷大赦天下折、請朝廷練新軍折、訴請停止海餉折。
他請求萬曆皇帝和內閣大赦天下，赦免那些從賊的文士、貧民百姓的罪，既往不咎，乙安定天下民心。同時他還請求朝廷准許他練新軍，用西洋教士引進新式火器，重振明軍的聲威；而在與中華公司和談期間，海餉不可再徵收，特別是新收復的地區，需要穩定民心，休養生息，決不可濫徵各種餉銀。
這三個摺子使得朝野震動，衆說紛紜。內閣首輔方從哲左右爲難：在新收復的地區停徵餉銀、海餉，這會使嚴重缺錢的大明朝廷更加難以度日。而官軍的無組織無紀律的暴行，以及各種苛捐雜稅，已經把那麼多百姓、士子推到了中華軍這一邊，簡直是在爲淵驅魚、便宜了中華軍海寇集團。這也是有目共睹的事了：京衢地方的皇莊、官莊、勳貴家的莊園，其中的佃戶、奴僕幾乎都已經逃亡一空了。
大赦令倒是很快下達了，一些被抓的文士、小地主被釋放了。薊遼總督文球組織了一批糧餉運到了通州，緩減了那些官軍的搶掠行爲。
但是，徐光啓關於停止徵收海餉的意見，在朝堂之上幾乎無人表示贊同。理由很簡單，沒有海餉，大明朝廷在財政上就徹底“破產”了。
徐光啓關於利用西式火器操練新軍的建議，則被大多數人視爲驚世撼俗的言論，也是沒幾個人贊同。但是軍事上的失利使得大部分官員覺得：用西洋火器練新軍，可能是個挽救危機的辦法，不妨一試。但是，練兵買火器，那是和錢有關的肥缺，大家都眼紅了，這徐光啓是坐了火箭升入內閣的，不能再讓他在這項肥缺上佔得頭籌了。
於是，徐光啓被掛上大學士頭銜，升禮部尚書一職，擔任談判使者，南下南京，與中華公司頭目尹峯談判招撫之事。
朝廷官府這個時候還死要面子:明明是被人家用槍頂着腦門子逼着和談，卻還是要弄出個招撫的名義來。徐光啓本來是要從運河南下的，但是此時山東境內徐鴻儒的白蓮教叛亂武裝掐斷了漕運航線，山東官軍和白蓮教徒們正打得不可開交。於是，急於達成和局的徐光啓帶着人向天津衛方向進發。
他這個舉動把招撫副使、兵科給事中趙興邦嚇得不輕，他跳下自己馬車，衝到徐光啓的馬車前面哭喊道：“徐大學士，不可啊！不能由海路走！那海上可是海寇的地盤啊！”
徐光啓喝令停車，緩緩地下車對趙興邦拱手道：“趙大人何出此言？臺灣海寇既然已經撤軍回島，也就是真的想達成招撫之舉，不會對我等朝廷使者做什麼的。你放心吧，我在他們的槍炮之下，不也是平安度過了好幾個月嗎？”
大明朝招撫海寇的天使一行20餘人，突然出現在了天津衛以北的一座堡壘前。
這消息使陳衷紀一時之間摸不着頭腦，只好先派人把這夥“天使”迎進天津衛城西的中華軍大營內。徐光啓直截了當對前來迎接的北線部隊總監軍曹泰說：他們來天津衛就是想借中華軍的戰船一用，出海南下金陵城，與尹峯和談。
陳衷紀聽說後連連點頭：“呵呵，大明朝居然還有這樣的人才，向敵人借船出海了不起，有這份膽識和見識的人，絕對不是庸庸碌碌之徒。”他轉向情報總管曾慶：“向金陵放飛鴿，告知船主大人：朝廷談判使者，半個月後就將到達金陵。把海魂號借給這位天使，讓他們看看什麼樣的船能在海上飛翔！”
徐光啓來到渤海邊，被海邊的景象驚呆了。
數萬百姓攜帶細軟包裹、拖兒帶女、扶老攜幼，在中華軍藍布制服的兵士（水手火槍隊）的指揮、引導下，緩慢而有秩序通過臨時的棧橋，陸陸續續下到小艇、漁船甚至木筏上，然後在水手指揮下向一裏以外海面上巨大的帆船駛去。
徐光啓一行除了他和副使趙興邦外，還有他們的家僕以及錦衣衛派出的使團護衛。大羣逃難者忽然發現有身穿朝廷官服的人出現在海灘上，不由地一陣騷動。
徐光啓看着那一雙雙警惕、敵視、惶恐或者默然的眼睛，心底裏百感交集。他們由曹泰帶路，擠過人羣，準備通過棧橋。幾名錦衣衛眼見前方人羣擁擠，忍不住推推搡搡起來，還踢打那些難民，嘴裏罵罵咧咧的：“一幫子流民，還不快快讓路，讓我等朝廷命官過去！”
徐光啓還沒來得及阻止他們，海灘上維持秩序的水手火槍隊員呼啦啦圍上來十多人，明晃晃的上好了刺刀的燧發火槍逼了過來。更有兩名水手上前用槍柄打倒了一名錦衣衛，其餘的錦衣衛全被刺刀逼住，動彈不得。曹泰冷冷地走過去，將一名錦衣衛的腰刀一把奪去，一腳將此人踢到了泥濘的海灘上。他轉頭對徐光啓冷冷地說：“徐大人最好管束一下自己的手下，此地眼下還不是大明朝廷的地盤，是我們中華軍管轄的地方！”