在西方殖民者眼裏，中國人以“勤勉”、“愛好和平”、生性“懦弱”而著稱.而現在，經歷了上一次的爪哇亂戰，巴達維亞大半杯轟爲廢墟，荷蘭人對中國人的看法有了改變。
根據中荷兩家公司的馬尼拉和約，荷蘭殖民地對所有中國人開放。
重新擔任總督的彼得遜.昆用高額工資招引萬丹的中國人，而且對移居到巴達維亞的華商課以輕稅，並獎勵華僑招引同鄉來巴城。
這一政策極爲成功，中國來的大帆船運來了大量中國移民，中國人一旦獲得能夠自立的資產，便在巴城安家落戶，也不介意與被送到這裏做奴隸的巴釐女子通婚。華僑人口不斷增長，而在巴城內的華僑多數從事商業活動，從流動小販到固定攤販，到零售商和批發商，形成了完整的商業網。荷蘭殖民者實施“分而治之”的政策，將巴達維亞的居民按不同人等賦予不同的法律地位，其中，荷蘭人居上層，華人處中間，底層的是原住民。與原住民採用當地法律和法庭審判不同，華人和歐洲人一樣，可採用荷蘭法律並在荷蘭人的法庭進行民事訴訟和審判。經濟上，華人不僅可從事各種中介業工商業，部分上層華人還承包各種稅收和獲得某些專利，經濟發展明顯優於原住民。荷蘭總督昆把一切零售商業包括沿海貿易承包權交由華人甲必丹（首領）負責。他試圖採取“以華治華”的政策，通過任命華人甲必丹，對華僑社會進行控制和間接統治。李錦已經離開巴達維亞，正式成爲中華公司的股東，擔任公司外事局的主管，不再爲荷蘭人辦事了。此時，華天公司的旗號雖然還在南洋，但是已經成爲中華公司的同盟者了。
昆總督在當地華人中尋找了半天，找到了一個在當地有百餘年曆史的華人家族的首領，蘇鳴崗爲甲必丹。此後，甲必丹被巴城華僑富商階層的頭面人物蘇鳴崗把持了這一職位，本地華僑家族爲了自家的利益，甲必丹被認爲是華僑在荷蘭總督府裏的利益維護人和聯繫官方事務的中介人。每個華僑需按月到甲必丹府第交納人頭稅，並至少每年報到一次。1618年，華僑支付的人頭稅佔荷蘭東印度公司在城市徵集的人口稅和其他稅收所得總和的一半以上。在巴城當局對賭博、零售業、貨物進出口、木偶戲等行業所徵收的21個稅項中，華僑承包了其中的17個。在荷蘭人這裏嚐到一點甜頭後，中華聯合公司在巴達維亞的商館就被人有意地忽視了。中國人喜歡內訌的**病又一次發作，在荷蘭人支持下，這些本地華僑家族聯手抵制中華公司的壟斷貿易。
實際上，“爪哇亂戰”五年後，華人在整個爪哇北部沿海地區，都已經享有了比土著民優越的法律和經濟地位，這引起了原住民的妒忌和強烈不滿。不少巴達維亞、萬丹、泗水土著把華人看成是繼荷蘭人之後搶走印尼原住民財富的剝削者，同時，華人也成了馬達蘭土邦國國王的眼中釘。
這一任馬達蘭國王的父親在上一次爪哇戰亂中，靠着中華公司軍隊的支持打敗叛軍的。馬達蘭國王素丹阿貢即位之初，就有徵服全爪哇、統一全爪哇的宏圖。爲實現這個計劃，即以徵服蘇魯馬益管轄的邦維坦(爪哇東部諸地)及馬都拉國爲第一步。這些地方，當他父王死時，還在交戰之中，未曾徹底徵服。其後數年，他們還竭力抵抗馬達蘭的徵伐，保持獨立。但素丹阿貢的最大敵手，卻是1613年後的重新發展起來的巴達維亞。荷蘭人進入爪哇前，在西爪哇地區，除萬丹王國外，還有保持半獨立狀態的雅加達和井裏汶，在十六世紀末，雅加達已不是一個重要的地方了，因爲香料貿易已經完全集中於萬丹，儘管萬丹的港口條件不如雅加達。而在爪哇戰亂後，靠着中國人的勤勞，巴達維亞的繁榮已經奪去了萬丹的不少貿易份額。
索丹阿貢企圖徵服巴達維亞，也想要徵服萬丹。但是，這些地方都有中華公司的商館，井裏汶蘇丹更是和中國人聯手結成同盟。
由於中華公司、荷蘭人、英國人、法國人在萬丹都有商館，他們都支持萬丹保持獨立地位。大約在尹峯發起反海禁的戰爭的時候，也就是兩年前，馬達蘭國王素丹阿貢想要攻佔萬丹，但是他的軍隊被萬丹首相臘納孟加拉的軍隊擊敗，萬丹軍隊中有中華公司和荷蘭人僱傭軍的身影。素丹阿貢知道了這一事實，對中國人、荷蘭人非常不滿。他向荷蘭人佔據的巴達維亞派出使者，要求荷蘭人爲此做出解釋。
荷蘭人明白，馬達蘭國王的目標是整個爪哇。荷蘭總督昆想盡辦法要把素丹阿貢的目標轉向華人。他告訴馬達蘭的使者：中華公司和中國人是荷蘭人的債主，海上貿易被中華公司壟斷了大半，只有除去中華公司在爪哇的地盤，荷蘭人沒有了債主，才能和馬達蘭國合作。
馬達蘭土邦的封建主們本來就對中國人非常不滿，在荷蘭人挑動下，馬達蘭國王素丹阿貢準備和以前的同盟者中華公司翻臉了。
這時，中華公司和大明朝廷開戰的消息傳來，西洋殖民者聞訊大喜。
同一時刻，另一個新來的南洋玩家英國人也開始了動作。英國人曾試圖在帝汶的昆貝洛建立商館，爲荷蘭人阻止，但卻在1614年佔領了爪哇的阿伊島，據爲己有，荷蘭人此刻陷入爪哇混戰，一時也沒有辦法對付。
由於中華公司開始壟斷絲綢、瓷器等貿易，並且已經插手到香料羣島的貿易中來，英國人和荷蘭人此時卻聯手了。英國人、荷蘭人聯手向萬丹土邦首相臘納孟加拉建議，只要把中國人趕走，就能把被巴達維亞搶去的貿易份額奪回來，而且，英國、荷蘭兩家還可以提供火器給萬丹，幫他們對抗馬達蘭國。
此刻，由於馬達蘭的進攻和貿易份額被巴達維亞奪走，萬丹的情況很糟糕。中華公司萬丹商館的商情部曾經報告說，萬丹的治安十分惡劣。居民五方雜處，英、荷水手時常鬧事起鬨，互相攻打。貴族官吏，橫徵暴斂，無所不爲，遊民盜竊，充斥市區。荷蘭人、英國人和中國人商店成爲搶劫對象，這簡直就是國際都市的腐爛性的充分表現。在今年年初，有整整一個月，萬丹陷於南榜“獵頭族”所造成的恐飾之中。他們突然侵入家宅，割掉居民的頭。據說是在南榜區有萬丹人的宿敵，他們的“王”促使南榜人民前來獵頭的。萬丹政府對之也無可如何。在英國人、荷蘭人鼓動下，也爲了轉移本地貴族、流民的憤怒情緒，萬丹首相臘納孟加拉在今年5月份悍然下達驅逐華人的命令，並派兵進攻中華公司商館。
萬丹華人並不是團結的，由於本地有不少歷史悠久達三百年以上的華人家族存在，中華公司在此地的號召力還不如巴達維亞。但是，在萬丹土邦驅逐華人的行動中，這些華僑家族一樣被趕出了城，不得不在中華公司商館組織的自衛隊保護下，向巴達維亞撤退。
同一時期，馬達蘭國王素丹阿貢在爪哇東部威臘索諾城打敗了爪哇東部土邦聯軍。蘇魯馬益、巴蘇魯安、杜板、威臘索諾、惹班、拉森、布倫東(在杜板以東的北海岸)、馬都拉這些土邦國組成的同盟聯軍，準備極不充分，兵士苦於飢餓，困憊異常，被雄心勃勃的素丹阿貢國王打敗。素丹阿貢佔領威臘索諾城，本城太守在戰爭中爲河水所溺斃。素丹阿貢爲絕滅反叛之跡，把死亡的太守的兒子和他的居民，一起都移到萬由馬斯去。這種辦法是馬塔蘭對戰敗的城區所經常採取的策略。