前來拜訪尹峯的，是號稱天主教中國傳教三大支柱：徐光啓、楊廷筠、李之藻三人中的楊廷筠與李之藻.此二人是應中華軍總統領尹峯的邀請，前來接收一批被關押在南京大獄內的天主教徒。這些教徒都是前一年、萬曆四十四年南京教難中的受害者。
南京教案是天主教在明朝中國傳播時，第一次遭遇到的政治上直接打擊。主使者是南京禮部侍朗沈榷。他分別三次上書朝廷“參遠夷”，指控耶穌會傳教士潛入中國，行蹤可疑，圖謀不軌。列舉的罪狀有二：一是西方傳教士參預修歷，違背了尚書堯舜以來的中國傳統曆法；二是不讓教徒祭祀祖宗，乃是大逆不道。沈槯要求朝廷將傳教士驅逐出境。
萬曆皇帝對他的奏章不置可否。但是沈槯有司禮監太監的支持和內閣大學士方從哲的支持，不待朝廷明旨，就將王豐肅(後改名爲高一志)與謝務祿(後改名爲曾德昭)等十三名傳教士、教徒抓了起來。
王豐肅在獄中被獄卒打得體無完膚、半死不活。隨着沈槯的又一道上疏直接指控天主教謀反：“據其所稱天主，乃彼國第一罪人矯巫稱尊，欺誑視聽，亦不足辯也。但使止行異教，非有陰謀，何故於洪武崗王氣所鍾，輒私盤據；又何故於孝陵衛寢前，擅造花園。據查，臺灣海寇俱奉其教，肆孽海上，大逆不道”神宗荒於政，沈榷勾結太監，矯詔驅夷。南北兩京傳教士紛紛被捕入獄。他們的住所被拆、教堂大多被毀。
說起來，中華公司反抗海禁一事，也影響了這次教難。由於臺灣公開允許天主教傳教，因此這也成了天主教謀反的一項罪證。
尹峯的軍隊攻入南京城時，這夥傳教士和教徒剛剛被移解到了都察院。當官員衙役都逃跑之後，這些特殊的犯人就落入了中華軍之手。
這些教難受害者不僅有王豐肅與謝務祿等西洋傳教士，還有中國籍教徒鐘鳴禮與鐘鳴仁兩兄弟，已經被判押往關外爲奴。鐘鳴仁，是第一個入耶穌會的中國人，他的號叫念江，廣東新會人，通曉葡萄牙語等多種西方語言，曾任利瑪竇的翻譯，從行數年。另外還有十多名中國籍教徒，其中有耶穌會的實習修士。他們受到了中華軍很好的對待，由中華軍中的天主教徒照顧。
在朝廷拒絕和談之後，尹峯一方面決定再次擴大對朝廷的軍事攻擊力度，另一方面向在朝野之間尋找能夠上下斡旋的人。
這時他想到了這羣教難受害者，立刻向在杭州的楊廷筠、李之藻發出信件，信中說：久仰二位是努力弘揚西學的大家，我中華公司也是一向致力於融合東西學問的。我軍發現了南京大獄中的天主教徒，想把這些受難傳教士救出大獄帶往臺灣；在兩位家中避難的傳教士和教徒，我們也可以幫忙轉移，不知意下如何？
南京教難一起，北京城就留下了耶穌會中國傳教會會長龍華民和日耳曼人鄧玉函兩個傳教士。其餘的傳教士不是被抓捕入獄、驅逐出境就是躲藏到了信徒家中被保護起來。其中，龐迪我、郭居靜、畢方濟、艾儒略、史惟真等傳教士安全隱藏於杭州的楊廷筠、李之藻兩人家中傳教。
本來，楊、李這兩位科舉出身的中國天主教徒是絕對不會和叛逆賊寇交往的。無奈，他們正好在此時接到了龍華民從北京傳來的信：要求他們想辦法搭救南京的教友，並且千方百計和臺灣中華公司結好。
楊李二位在教會中的地位，使他們知道臺灣在耶穌會中國教區中的重要地位，中華公司統治區有近4000名中國受洗教徒，比整個中國內地的教徒數量還多。出於同教情誼，他們想瞭解結識一下中華軍中的教徒，順便搭救出那些獄中的教友，因此纔會有兩人的南京之行。
他們二人在澳門教徒石宏基陪同下來到中華軍在南京的老營。
石宏基，字厚齊，澳門華人天主教徒，今年43歲。石宏基是明朝第一批華人天主教徒之一，1596年聖保祿學院美術課程班的第一期學員，畢業後即赴內地教區擔任“畫師”，當時僅13歲。1603年又到北京會院協助利瑪竇工作，1610年後在中國各地傳教，和尤文輝非常熟悉，同樣是最早學習西洋油畫技法的中國畫家。
楊廷筠和李之藻聽說了尹峯身邊隨行人員中，有一位是石宏基的同鄉教友，因此才讓他陪同的。
他倆進入南京城時，非常喫驚地發現南京城內秩序井然，各行各業興旺發達，甚至還有不少金髮碧眼的西洋人來往在街道上；中華公司抓緊時機，把臺灣港的外商也帶到了南京，大肆做買賣。
蘇州戰役後，顏思齊的第五旅攻佔了蘇州及嘉定、金山等地，基本上整個南直隸的南半部地區都已在中華軍佔領下。這一帶是江南的主要蠶桑養殖區，每年的四月到十一月都是江南收購蠶繭的季節，此時正是蠶絲收購時節的尾聲。江南的蠶桑養殖業並未被戰爭打斷髮展，隨着中華軍的迅速獲勝，戰爭破壞範圍很小，而且中華公司這個海外絲綢貿易的最大主顧直接前來收貨，這一行業還達到了高潮，南京城滿大街來往的都是蠶農和絲商。已經有人在問中華軍臨時設立的市場主管說：“你們明年還來吧？或者，你們要在這裏住多久？”
楊、李二人目睹堂堂的帝國南京城成了大集市，不由地哭笑不得。他們來到北城一帶官紳勳貴居住區，發現個各個家族的宅院門口都有黑衣兵士把守，但是看得出這些官僚貴族之家並未受到破壞。
他們還發現除了少數幾處府庫、官衙、兵營被中華軍徵用以外，其餘南京城內民居基本沒有受到中華軍的影響。而且，老百姓和街頭巷尾巡邏執勤的中華軍戰士相處甚歡，似乎毫無牴觸情緒。
他倆驚疑不定，中華軍的軍紀之好他們原先有聽說，現在真的看見了，卻又是憂心忡忡：無論如何，海寇如此表現的象是一支“王者之師”，在他們而言並非好事，而是大明朝的危機。
他倆來到老營求見尹峯，以自己的教名通報。尹峯早就在等他們了，立刻派尤文輝出來迎接。
他們一見面就明確自己天主教徒和丁憂在家的身份，強調自己來此是私人性質的會見，爲了解救教友而來。在場的陸若漢是耶穌會中國教區巡視員，和兩人劃着十字、拱着手鞠躬見禮。這種中西合璧式的禮節在尹峯看來非常滑稽，好容易才憋住笑。他沒有計較二位名人的矯情，親自帶他們去和那些南京大獄中出來教友見了面。
尹峯然後在自己住處請他們參觀了中華聯合公司出版的書籍：《幾何原本》全部15卷翻譯本、《天體運行論》等西方科技書籍，還有李之藻參考《幾何原本》寫出《圓容較義》一書，還有五年前出版的《幾何體論》和《幾何要法》兩書這是上海嘉定人孫元化的著作，孫本人是徐光啓的好友、學生，也是一位天主教徒。
李之藻和楊廷筠都很喫驚：李之藻對自己的書被盜版並無意見，只是對這些講實學、西學的書籍居然在臺灣能大量出版非常喫驚。