四年初，不出所料，福建塘報八百裏加急遞傳京師。海防遊擊五虎大將軍鄭芝龍因與福建巡撫李貌不和，兵變。李貌畏罪，攜款逃亡南洋。
朝廷議策，急召正在湖南平息*的戶部尚書畢自嚴回京。朝廷何以會召畢自嚴，是因他善水戰，並有經驗。
天啓元年，清兵打下遼陽，關內告急。朝廷令畢自嚴擔任天津巡撫，整備海防。熊廷弼經略遼東，建“三方佈置”之策，天津爲其中重要一方，畢自嚴兼領京東防衛。他用戚繼光遺法，設置水軍，修造戰艦，沿海設置炮臺，親自主持水軍練習陸戰，使天津武備大大增強，成爲遼東前線的可靠後方、北京堅固的屏障。不久，天津督餉侍郎出缺，朝廷進畢自嚴右都御史、戶部左侍郎，催督遼餉併兼領天津巡撫，直到天啓五年。
畢自嚴萬曆二十年弱冠時進士及第，授松江推官。他年少有大才，尤善於綜理複雜的經濟事務。先後任刑部主事、工部員外郎、淮徐道參議、河東副使、洮岷兵備參議、陝西右佈政使，泰昌元年升爲太僕寺卿，躋身九卿之列。
朱由檢登基之後，畢自嚴先後出任過兵部尚書，吏部尚書。三年，溫體仁借李林貴案，抓住首輔周延儒的把柄，將其趕出京師，溫體仁把持內閣，改武英殿，吏部尚書。畢自嚴改戶部尚書。
崇禎四年初春，京師無雪，人說“大雪兆豐年”，一個冬天沒有下雪，四年恐又有旱災，京師籠罩在陰霾之中。年開頭，福建又有兵獲，朱由檢氣得吐血，幾經調理才稍微康復。
畢自嚴風塵僕僕趕到紫禁城，卻聽說首輔欲對福建用兵，畢自嚴伏倒在大殿之上，嗷掏大哭，皇帝好言慰之，詢問計將安出。
不料畢自嚴指着溫體仁的鼻子大罵奸臣誤國，廟堂爲之譁然，清流拍手稱快。
“民日月告兇，旱潦存至，師旅所處，疫蔓爲殃，上幹天地之和，下叢室家之怨。遼東兵兇，西北禍亂，湖南又起民變，今欲對福建用兵，兵餉兩缺，將從何出？”
畢自嚴認爲應該重新起用鄒維漣，與鄭芝龍和談，促成南海穩定。溫體仁自然不會同意，他怕和談來和談去，捅出與李貌之間的交易。李貌是逃跑了，到時候牽連到溫體仁，福建的禍首還得溫體仁擔待。
再說用李貌出任福建巡撫，是溫體仁一力舉薦的，他不願意承認用李貌是個錯誤，只一味咬定是鄭芝龍心存反心，圖謀不軌，必須彈壓。
兵部尚書梁廷棟是溫體仁提拔的人，也響應溫體仁的號召，主張對福建用兵，請增天下田賦，在舊增五百二十萬兩之外，再增新餉一百六十五萬。
朱由檢對鄭芝龍造反憤怒異常，不願和賊人妥協。妥協不容易，我大明泱泱大國，太丟面子。故批準兵部尚書所請。
畢自嚴條上十事，提出補救措施，請崇禎注意百姓已到了家家懸釜的境地，請酌減天下賦稅，以使小民有升鬥之蓄。當然，他的意見崇禎皇帝無法接受。
朱由檢召畢自嚴回來，是因爲他善理財，要他想辦法籌錢。趙謙那樣殺雞取卵的幹法，朱由檢不覺得好，雖得了四百萬軍餉，卻使首輔換人，朝中牽連，幾乎血流成河。而且朱由檢感覺到，溫體仁做首輔之後，朝政情況更糟，但是他也沒有辦法。覺得畢自嚴靠得住些，就叫他回來主持財政，卻不料畢自嚴一回來卻挑起了另一輪黨爭，朱由檢心中非常不高興。
溫體仁與幕僚商議，認爲畢自嚴擺出一副爲民做主的樣子，是想拉攏清流，周延儒舊黨，窺欲首輔之位，必須剷除之。
下面的人充分領會了溫體仁的精神，於二月尋到了畢自嚴把柄，其門生青浦知縣鄭友元未完成稅收定額，畢自嚴卻袒護之，在戶部官吏考覈上寫鄭友元完成了七成。
二月中旬，溫體仁通過籌備，伺機彈劾畢自嚴。
一日早朝，因陳琦瑜在山西敗績連連，卻月月上疏缺這缺那，朱由檢問畢自嚴戶部錢糧，畢自嚴報出數目捉襟見肘，朱由檢心情維和。
吏部給事中隨即彈劾畢自嚴袒護離任時沒有完成稅收任務的青浦知縣鄭友元。崇禎帝很是惱怒，問畢自嚴怎麼回事。畢自嚴回說鄭友元離任時已完成了七成。崇禎皇帝不信，派人查帳，結果發現一兩未交。
朱由檢對畢自嚴這種說謊不臉紅的行徑憤怒異常，大罵道：“官員欺上瞞下，天下官員儘可殺！”
“儘可殺”三個字在大殿之上久久迴盪，震得人心驚膽顫。
王承恩即傳旨：“摘去畢自嚴頭上烏紗，脫去圓領。着錦衣衛拿下！”畢自嚴被逮捕，投入了鎮撫司大獄。
朝廷下旨，命西北總督孫傳庭爲西北經略，統領西北五省軍務。將洪承疇召回京師，商討平定鄭芝龍事宜。
孫傳庭以前是楊閣老的人，楊閣老倒臺了，不屬任何陣營，畢竟是封疆大吏，又遠離朝廷，周延儒要對付他不容易，還沒來得及整倒孫傳庭，周延儒也倒臺了，溫體仁上位不久，也沒去動這些封疆大吏。
洪承疇以前雖不是周黨的人，卻和周延儒有利益關係，想聯合對付野心勃勃的楊閣老，便和周延儒走得很近。溫體仁對洪承疇沒有好感，但是他的根基始終沒有前任首輔周延儒深，不敢輕舉妄動。
朱由檢有意派洪承疇總督南海軍務，溫體仁想反對有顯得力不從心之感，他的手下始終沒有資歷高的名臣宿將，想到趙謙，向皇帝言趙謙善戰。
朱由檢想了片刻，便說趙謙資歷尚淺，不相信趙謙能組織大規模戰爭，於是洪承疇就回到了京師。
溫體仁即刻給趙謙寫信，要他務必看住洪承疇，不能讓他私下與鄭芝龍媾和。
趙謙接到書信，心情複雜，和韓左信說道：“沒想到洪督師會到福建督軍”
趙謙的意思是回想歷史，洪承疇好像沒幹過這事。韓左信自然不會明白趙謙的意思，想了想說道：“大人雖官居浙直總督，資歷始終尚淺。畢自嚴下獄，孫閣老（孫承宗）督師遼東，孫傳庭陳琦瑜轄區皆有兵禍，洪督師調往南洋總理軍務合情合理。元輔（現在是溫體仁）叫大人監督洪承疇，不讓洪督師有私下議和的機會，正合大人下懷。”
韓左信的意思是以現在朝廷的力量，又要開闢戰線，而且是海戰，要打的話，除非是天兵天將來打纔有勝算。洪承疇肯定會想法媾和，溫體仁有先見之明啊。自從上次趙謙口誤唱出反詩，韓左信一直就以爲趙謙胸有“大志”。既然南海戰事，誰也打不贏，最後在溫體仁的幫助下，可能會讓趙謙上場，趙謙就有機會擴充軍備，爲逐鹿中原打下根基。
卻不料趙謙嘆氣道：“首輔此舉，真誤國也溫閣老入主內閣，朝政並未有好轉，瞧現在這境況，恐怕會越來越糟。今日我等爲元輔做下誤國之事，將來朝中有變，我等死無葬身之地！”
韓左信道：“時不我待，大人要早作準備。”
趙謙看了一眼韓佐信，想說老子並沒有想謀反，但解釋無益，真是跳進黃河也洗不清。
韓佐信又道：“大人切不可猶豫。元輔在浙江定有耳目，如察覺大人監督不力，心存異心，恐獲不久也。”
“佐信所言極是。”趙謙嘆了一氣，做奸臣是真沒有辦法，因爲做忠臣的話，畢自嚴就是好榜樣，鎮撫司大獄蹲着喝稀飯，生死難料。