第一個成建制逃散的，卻是“大清國皇帝”載灃組織的“清國禁衛軍”和“旗民義勇隊”。這些流亡日本的滿清遺民，恐懼於日本投降後自己遭到清算，踊躍參與了叛亂，可眼看着如此慘烈的屠殺，終於精神崩潰，豕突狼奔，帶動了叛亂軍的總崩。
日本政府平叛軍追亡逐北。
對於這些叛亂者，按照東京的指示，他們給與了最爲嚴酷的懲罰。一切被捕獲的俘虜全部處死，人頭沿路展示以儆效尤。日本近衛軍打着天皇的菊花紋飾，拉着成車的無頭屍首，在交通要道壘起京觀，豎起牌子，如此“軍威”，更震懾得老百姓魂飛魄散。
東京方面的平叛軍一路由東而西高歌猛進，所過之處頒佈敕令，鼓勵國民舉報“叛逆”，進行了殘酷的清洗，也順手接收了很多富戶的財產以補充國庫。在如此“武功”的震懾之下，西國地方的叛亂勢力土崩瓦解，紛紛易幟，一場叛亂，冰消雪融的迅速，更不差似興起之時幾分。
載灃爲首的滿清遺老遺少，這個時候簡直成了喪家之犬，四處東躲西藏。最滑頭的載振之前一直逗留在大阪“聯絡外國公使”，聽聞戰敗，死氣白咧求爺爺告奶奶要政治避難，怎奈現在實在沒哪個國家願意爲了這幫政治破落戶招惹來者不善的中華帝國，紛紛以不承認滿清政府，而對方缺乏政治避難的合理理由爲由，給載振喫了閉門羹。
翁同和雖然七老八十，卻一門心思“輔佐聖主”，眼看着已經是最後殊死一搏，跟着載灃就上了前線。看着這修羅沙場，老頭子嚇得只剩下阿彌陀佛的份，簡直眼睛都不想睜開。炸營的那一刻，老翁正愁眉不展，結果一聽外面的喧鬧打槍，還以爲日本政府軍打過來了，當場就魔症了。老頭子黑燈瞎火也沒膽子出去挨槍子，最後一狠心，匆匆寫了兩句絕命詩，在大樑上繫個繩套要“死節”。
結果載灃的小蘇拉過來找“太傅”一起跑，眼看老翁要上吊，嚇得過去就往下拽，沒想到碰翻了桌子，老翁一個沒留神真給吊上了，差點一命歸西，得虧又來了幾個人，七手八腳救了下來，三魂已經去了兩個。
活轉過來，老翁突然就看破了世情，表示要“出家”，讓皇上多多保重，就別管自己這個畸零人。
載灃這時候也來了，一看情形，眼看着外面亂了套，也顧不上太多，掉了幾滴眼淚，狠了狠心帶着人奔西邊。
老翁後來是死在亂軍之中，還是真出家做了和尚，這事情一直是個懸案，後來有幾位“名導”拍過好幾部片子，都涉及到了這個題材，更添了幾分神祕。
載灃後來是被小蘇拉賣給了日本政府的平叛軍。
眼看着抓住了滿清“皇帝”，有棲川宮威仁親王如獲至寶，當即派人把載灃和一衆滿清遺民，帶着這幫人的家眷送往東京，移交中國方面。許凡也懶得見這些人，直接把這數萬口子的旗人交給了警政部的代表，總之一切有十年前的先例，這些人執迷不悟，公審之後處罰翻倍也是理所當然。
至於那些被中國方面明令通緝的要犯，如桂太郎，明石元二郎，內田良平等人，眼見形勢不可爲，直接切腹自殺，頭顱被死黨偷埋起來。日本政府軍方面久久找不到這些要犯，擔心中國方面問責，不得不懸以重賞。賞格一升再升，這些人的畫像也貼得到處都是，終於開始有些線索彙集起來。最後，這些爛得不成樣子的首級又從衣冠冢裏被刨了出來，用石灰硝了一遍之後又如同寶貝一樣裝進木盒送給中國方面，最後統一被送回中國，準備在戰後的凱旋大典之後祭告先帝鄭鷹。,
東京政府趁熱打鐵，以“御駕迎回”爲旗號，在整個日本掀起了清洗“國賊”的高潮。舊藩閥，財閥，幕府餘孽，激進社團，都遭到了沉重的打擊。凡是不服從東京政府，或者推行詔諭不得力的，都被安上帽子送進東京關押起來，換上忠於皇室，忠於現任內閣，或者是親華反戰的人士。
之前在真正期間以“思想犯”，“文化犯”等名義看押起來的中江信徒，又被政府禮遇有加地請了出來。因親華而遭到排擠的軍政要員，如荒尾精等人，也被紛紛請出冷宮，並委以重任，負責與中國方面協調，對日本進行改革。
到了十一月下旬，日本這一場空前的大騷亂逐漸平息，從迷茫於狂躁之中逐漸清醒下來的日本人，開始認真地意識到，自己的生活，從此開始，要有一個徹底的變化了。
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日本新內閣已經穩固，清一色的親華分子。
新任首相西園寺公望第一次作爲內閣首相出現在國會，就穿上了一身“唐服”，也就是之前所謂的“和服”。這位後來被稱爲“西園寺一族中興之祖”，“新日本之父”的日本改革實際操刀者，在這個時候，充分發揮了其身兼日本兩朝重臣，清華九卿勢力代言人，維新元老，親華反戰政治家，自由憲政主義者，英美派外交家，英法友人等多重身份的獨特優勢，把日本朝野各派力量聚合起來，爲了打造“新日本”的共同目標而努力。
西園寺公望的上任，除了自身根基的深厚，以及調和各方的獨特能力之外，自然也少不了中國方面實權人物的支持。這其中，首先就是掌握日本實際命運，又和西園寺公望政治理念接近的許凡。
在日本政局最爲動盪和混亂的時刻，許凡幾次力挺西園寺公望的表態，以及一系列實際舉措，立刻就讓這位原本就很有威信的日本元老幾乎馬上掌握住了日本的中樞大權，得到了上至明治天皇和攝政的嘉仁皇太子，下至日本各界人物的支持和信賴。
西園寺公望自然也是投桃報李。自從和許凡一番深談之後，此人已經乾脆利落地表示自己是“許帥門徒”，公然提出“日本之前的脫亞入歐是錯誤的，現在是正本清源，迴歸中華文明正統的時候了”，並且宣佈“日本之未來在於接受中國的領導，而日本復興要從深刻反省過去的錯誤開始”。
伊藤博文留下的“政友會”，自然也落入了原本就是伊藤博文之下黨內二號人物的西園寺公望手中。有此利器在手，西園寺公望長袖善舞，與河野廣中、犬養毅等人組成的立憲自由黨組成聯盟，結成了新的執政黨聯盟。
新任陸相則由日本皇族閒院宮載仁親王親領，而日本陸軍參謀本部長則交給了一向以親華反戰著稱的原參謀本部六部部長荒尾精。
海軍方面，海相山本權兵衛去職，由臨時出任海軍軍令部長的有棲川宮威仁親王取代，而原聯合艦隊司令官東鄉平八郎已經乘坐倖存的防護巡洋艦高砂號回到了日本，就任海軍軍令部長。
西園寺公望留下的文部大臣一職乾脆直接交給了幸德秋水。這位年方三十四歲的中江兆民信徒，中江派新生代領袖，就此成爲日本歷史上最年輕的內閣大臣。新官上任三把火，這位幸德大臣一上來就宣佈要“全面清算福澤諭吉，德富蘇峯等人的邪說”，“徹底恢復日本文化應有的本來面目，以坦誠而非矯飾的姿態面對歷史上中日之間母體和子女的關係，真正認清日本的歷史和現實，並且爲了新日本加油”。,