在尹峯和中華公司全力投入到遼東戰役和南洋大戰中去的這兩年，大明朝廷高層政治鬥爭異常激烈，最終結果是形成了一個“衆正盈朝，而小人側目”的局面.
天啓元年開始，東林黨人漸漸在朝廷佔了上風，與他們不和的大臣統統被轟下臺。在天啓二年年初，圍繞着萬曆朝的妖書案、挺擊案以及泰昌朝的移宮案，東林黨人重翻老賬猛烈攻擊對手。到這一年年底，葉向高、韓光方輔政，趙南星掌鈴，家居三十年的高攀龍起用爲光祿寺少卿，孫承宗以兵部尚書兼東閣大學士，參預機務。其餘比如楊漣、左光鬥秉憲，李騰芳、陳於庭輔佐，魏大中、袁化中長科道，鄭三俊、李邦華、孫居相、王之案輩悉登卿貳，而四司之屬鄒維漣、夏嘉遇、張光前、程國祥、劉廷諫朝堂上下、內閣六部及科道諸臣，幾乎全部被東林中人把持。
天啓皇帝是有名的木工愛好者，司禮監掌印太監王體乾以及魏忠賢每每等天啓帝於斧砍刀削、解衣盤礴之際，非平素親暱近臣不得窺視的時候，向他呈報奏章文書，天啓帝毫不在意地一概推給他們自行決定。不過，此時的司禮監秉筆太監兼掌東廠太監魏忠賢羽翼未豐，在外受到東林中人壓制，在內還有王體乾爭權，因此還在宮中養精蓄銳等待時機。
既然是正人君子當朝，朝政當然得煥然刷新。本朝如今內憂外患層出不窮，當務之急之一，就是威脅到了南直隸安危的浙北新軍叛亂。從天啓二年五月開始，朝廷集結大軍在浙北，準備剿滅新軍叛亂。
平心而論，此次剿滅浙北叛軍，東林的上上下下，無論在朝在野，確實也是下了狠心、動用了血本。兵部、戶部從遼東軍餉抽調銀子給江西、四川各路官軍發餉，孫承宗以兵部尚書之尊親自來南京督陣督餉。原先爲“新軍”協餉的那些江南富戶，也在很多同爲江南人士的東林黨人帶動下，主動爲朝廷大軍助餉。
有了充足的餉銀，各路官軍向聚集杭州周圍的叛軍圍了過去。
其實，在圍城剛開始，羅曉明炮營中的大部人馬就已經脫離叛軍大隊，拋下那些重火器投往江南中華軍控制區。兩個月後，久攻杭州城不克的叛軍已經發生了內訌：原屬新軍、明朝官軍的叛亂分子和各路裹挾進來的各路叛軍、土匪開始爭搶糧食補給，在指揮權、戰利品分配權上發生爭吵，最後發展爲內訌火併。
這時全國範圍內到處有官兵鬧餉叛亂，江西、南直隸、浙西各處叛亂士兵陸陸續續向杭州集結，使得江南靈秀之地，變成了一片生靈塗炭、水深火熱的人間地獄。原新軍中的骨幹軍官，凡屬中華軍地下工作人員系統的，都已經脫離了叛軍；還有一些本來屬於新軍和官軍低級軍官的叛軍頭目，因爲原本就來自明朝官軍系統，也在戰局不利的情況下，試探着嚮明朝官府和中華公司兩方聯絡。
本來這是一個迅速結束浙北混亂局面的機會，但是東林黨人政治上的頑固和不知變通使得這個機會轉瞬即逝。坐鎮南京督戰的兵部尚書孫承宗自持已經集結了十萬各地官軍，一口拒絕了叛軍提出的投降條件：專立一軍鎮守浙東。他寫檄文發佈浙北各地，聲言“天朝絕不與叛逆言和，務必痛剿。”
本來內部分崩離析的叛軍至此不得不暫時團結起來一致對外。
在各大叛軍頭目會商後，原新軍炮營副統領江成被推舉爲首領。此人原爲義烏鳥銃兵，浙江原副總兵羅慶的屬下。他打過澎湖之戰、南京之戰，實在是位經驗豐富的百戰老兵。在他指揮下，各路土匪分掠浙江各地打糧，諸路叛軍士兵分幾路騷擾牽制江西、福建、南直隸等官兵，原新軍爲主的叛軍在杭州城北設伏。
杭州城北皋亭山下，天啓二年的五月，一個春光明媚的日子裏，朝廷官軍的進剿主力-南直隸軍與川軍在行進中遇到了伏擊。叛亂軍隊中唯一的騎兵，原先駐守南直隸的江西九江兵-哦，當時應該稱爲九江叛軍了。他們襲擊了官軍後，迅速脫離戰場，引誘官軍大隊追擊到了皋亭山南麓。早就埋伏好的原新軍炮營在山上開火，連四門西洋紅衣大炮也用上了。雖然叛軍炮營的骨幹基本都投奔了中華軍，但是剩下的那些接受過葡萄牙炮手完整訓練的炮兵，還是能夠把這些大炮操作起來的。官軍密集的追擊縱隊被一陣陣炮火打擊，立刻陷入一片混亂。叛軍這時四下裏伏兵突起，將官兵立刻打得徹底崩潰。他們甚至追殺官兵一直到了長興縣城，浙江與南直隸的交界處。
就這樣，官兵第一次對浙北叛亂武裝的全面進剿失敗了，損失極其慘重。
其後，孫承宗果斷下令周邊各軍以守爲主，力主全面防禦戰略，堵截浙北叛軍向浙南浙西及省外的發展。他爲堅持防禦，不惜與朝廷中的東林官員反覆爭論。雖然他自己也算東林一員，原先卻是極少參與朝堂爭吵的。
他的計劃很快有了成效。暫時失去了外部威脅的叛軍，再次開始了內訌爭鬥。叛軍沒有統一的指揮系統，沒有公認的領導，也沒有什麼一致的政治目標。這夥人如同一盤散沙，有三個主要組成部分：原新軍、原各路明軍官兵、浙北浙西等地土匪及被裹挾民衆。到了天啓二年六月，這三個組成部分再次陷入內訌火併。
不斷有叛軍頭目被打死的消息傳來，不斷有小股叛軍向杭州城內的官兵投降，這場內訌完全失去了控制，最後，叛亂武裝就地瓦解，在杭州城周圍被陸續剿滅。六月底，餘姚、慈溪等地也被收復，新軍叛亂持續了近7個月，最終自我瓦解了。
7月，兵部尚書孫承宗任南京經略，明朝軍事力量開始集結南京周圍，打算收復江南半壁江山-在中華軍控制下的江南東部地區。
在明朝朝廷看來，江南局面一直是尷尬地擺在那裏寒磣人的。大明朝從來秉承的三不原則：不行款、不割地、不和親，擺在江南地方以及福建、海南等地，就成了自打耳光的擺設。
無論如何，海禁是祖宗之制，適當放鬆已經是極限。因此，反對海禁的中華公司的存在是不可容忍的。
東林中人秉承道德上的正直辦事，並無一人能真正看清中華公司的面貌。實際上，中華公司正在主導整個中國沿海的海外貿易秩序，而且還以各種手段打入國內市場。明朝海禁，實際就是把海外和國內市場之間的貿易全盤推給了中華公司經營，明朝官府實際上是在用國內各大商家和中華公司的貿易利潤，幫助了中華公司的擴張。因爲海禁政策，海外貿易利潤明朝官府根本難以拿到，而這些收益則是讓國內各大商家不斷爲和中華公司供貨的動力。
雖然無人能看透這點，但是江南的中華軍控制區在這五年內，已經成爲全國最大的海外走私貿易集散地。這使得很多明朝官員都爲之憤怒、嫉妒、恨，特別是自身家族在江南的那些人士。
江南是中國主要出口產品絲綢的主產地，中華軍控制了半壁江南及長江口，幾乎就是壟斷了絲綢海外貿易。以最主要的生絲貿易爲例：一擔生絲從江南各地收購到中華公司倉庫，中華公司的收購價爲每擔七十到八十兩白銀，而他們甚至不用把貨挪地方，轉手就可以以二百五十兩的價格賣給前來收購生絲的日本商人。而轉運到臺灣、呂宋與葡萄牙人、西班牙人交易的生絲可達到二百八十兩的價格，運到馬六甲、萬丹與西洋、阿拉伯人交易的生絲，天啓二年由於戰爭原因價格飆升到四百兩白銀。當然，在這裏參與收購、運輸生絲還有國內各大商家的勢力，只是海上運輸時都是打着中華軍旗幟的。