由於有馬六甲要塞的屏障，中華軍成功擊退了來自不同方向的多次進攻.
爲了攻陷馬六甲，亞齊人傾國而出，在柔佛人、北大年人的幫助下，整整圍攻了馬六甲城5個月。爲此，蘇門答臘的馬來人叛亂很快被終止，巨港蘇丹國因爲沒有了亞齊的支持，在三月間被華人開拓團和南洋艦隊陸戰隊打敗，不得不向中華軍投降。
在此期間，馬六甲的居民被困在城中，最大的問題是缺少食品供給，四萬餘平民、6000多武裝人員不得不食用野貓和老鼠，甚至不得不在三寶山華人公墓邊上挖野菜。
其實作爲南洋行軍總管所在，作爲蘇門答臘、馬六甲商業區及各地農莊、勿裏洞錫礦區的賦稅集中地，馬六甲原本有着充足的糧食儲備。前一年，爲了遼東之戰的軍糧和賑濟需要，中華公司龐大的海上運輸能力將南洋地區出產的糧食都儘量向北運。結果，在天啓二年二月底馬六甲被圍後，城內的食品缺乏成了大問題。至於彈藥倒是沒什麼問題，這裏原本就有葡萄牙人留下的小型兵工廠，後來被中華公司加以擴建，可以製造顆粒火藥和火繩槍，修繕燧發火槍。火藥原料是早幾年從呂宋鎮守府兵工廠運來存儲着的，在五個月圍城戰中被用掉了大半。
到七月底爲止，馬六甲城內由於飢餓、疾病和各種戰鬥傷死去的人已達4000人。其中戰鬥傷亡不過近千人而已。
趙宣明守衛澎湖島、雅加達的經歷已經成爲中華軍統治區的傳奇，在馬六甲保衛戰中，他再次完美組織了一次守城戰。中華軍及華人武裝充分利用自己手中的先進火器，憑藉馬六甲城堡良好的工事，用最小代價，給那些冷熱兵器混用的土人兵士以最大殺傷。
但是隨着周邊華人據點陸續陷落，趙宣明不得不一次次派兵出去救援各地華人，盡力把他們救回城來。這樣，中華軍和華人民兵不得不在出城時與大隊馬來人惡戰。在不利於發揮火器威力的田間地頭、紅樹林中，中華軍士兵挺着刺刀、民兵們揮舞砍刀、長矛和馬來人進展肉搏，傷亡不小。華人武裝力量在馬六甲圍城期間的戰鬥傷亡，大多數都是發生在出城作戰時。而救回城中的華人百姓，陸陸續續有五六千人，大多數是一無所有死裏逃生，無疑又增加了城內的糧食危機。
五月間，得到求援信息的南洋艦隊爪哇分遣隊主力還在清剿各地爪哇叛亂者，只派出幾艘縱帆戰艦回援馬六甲，但是面對成百上千的馬來人帆船，沒能打破馬六甲城的包圍圈。最後他們只能和飛鷹號戰列艦一齊，依託淡馬錫島封鎖海峽東南出口，防止亞齊人船隊從海上包圍馬六甲城東。在馬六甲城東圍城的是柔佛軍及馬來半島上其他雜七雜八的馬來叛亂者，完全徹底的一盤散沙，象土匪一樣忙着攻打各個華人農莊，戰鬥力比亞齊軍差多了。因此，馬六甲守軍在這個方向只放了幾支華人民兵武裝防守。
第六師在婆羅洲的部隊得到趙宣明求援信後，收攏了在各地鎮壓叛亂的部隊，會合平定了那些本地叛亂的華人開拓團，在新崖州港口集結了近六千人馬，二十門大炮。但是，此時是婆羅洲海面無風季節，天氣情況導致部隊無法及時出發前來援救。只有一艘飛剪船-通訊艦駛出新崖州港，帶着一百來號精銳戰士前往馬六甲，給守城的人們帶來了聊勝於無地援助。
不過，他們成功爲馬六甲城守軍帶去了三架雷擊蜂窩槍---在遼東戰場上發揮了重大作用的手動36管速射槍，爲守城戰帶去了利器。此時，速射連發槍還沒有在參加遼東戰役以外的中華軍中配置，馬六甲守軍原本只有城堡正門有一架100管的暴雨槍。而第六師也是剛剛從臺灣兵工廠接收到這幾支速射連發槍而已。
另外，海南島的南洋艦隊分遣隊擁有一艘載70門大炮的飛字號戰列艦，十多艘各種型號其他戰艦。在得到求援信後，他們確實加緊了換裝新式大炮的過程，在四月間就準備好南下支援馬六甲。但是，還是因爲天氣原因：一場早早到來的颱風襲擊了海南島全境，停泊在瓊州港口的艦隊船隻全部都受到了損壞。
得到告急信的臺灣中華軍總部，不顧本島兵力空虛，抽調第二艦隊-臺灣艦隊的船隻南下支援，結果也是在半路遭遇這股颱風，分遣艦隊的提督-被從艦隊總管位置上撤職的臺灣艦隊副總管麥大海最後不得不帶着本部艦船來到瓊州港，和南洋艦隊船隻一起接受緊急搶修。
尹峯此時在爲江南新軍叛亂一事操心，得知麥大海的信鴿報信後，不得不長長嘆息一聲：風帆戰艦時代，無論哪國的艦隊，被大自然玩弄時都是無可奈何的事。他的轄區實在是太大了，從南到北橫跨萬里海疆，最快的通訊艦從遼東到爪哇跑一趟，一般情況下得一個月。在遼東集結的臺灣艦隊分遣隊現在正在南下，四月間剛剛到達琉球。
如今，只能指望馬六甲城能夠多堅守一段時間了。尹峯同時向呂宋鎮守府發出命令，讓那裏軍火工廠加班加點生產，爲下一步對南洋的大反攻作準備。
時間很快到了七月，鄭芝龍由錫蘭島返回，帶領南洋艦隊在印度洋的分艦隊和海南、爪哇的分艦隊齊聚馬六甲海峽，臺灣艦隊分艦隊及第六師支援部隊也到達了淡馬錫河口。
馬六甲戰場上，亞齊人攻城時死傷慘重，在天啓二年四月之後就採取了圍困的戰法。馬來人聯軍根本就無法做到聯合作戰，只是各圍一邊各自作戰，互相之間無法配合作戰。亞齊人在西、南兩面發動進攻，兩外兩面的盟軍卻是毫無配合作戰的表現。
亞齊蘇丹阿拉坦親臨戰場，召集邀請柔佛蘇丹、北大年女王前來商議，結果只有各家的領兵將領前來會面，沒人有決定權。與盟軍的會商毫無結果，亞齊蘇丹決定單幹。他佈置部隊分兵焚掠各地華人據點，同時，他在幾個歐洲人顧問建議下，在馬六甲陸地這一面挖掘長濠，每隔百步設立竹製望樓一座，駐兵防守。晚間在望樓上點燃火把，沿長濠綿延十餘里。
這項工作遭到城內守軍不斷出擊破壞，結果亞齊人不堪其擾，望樓經常被襲擊後點燃成夜色中的大火把。等亞齊人把全部長濠工程完工，中華軍各路援軍也就到了。
七月份，尹峯制定了《地方議事會法》、《商法》和《海外開拓地法》，派出通訊艦送往各地。就在這時，中華軍在馬六甲城周邊地區開始了反攻。同一時期，基本平息爪哇島的中華軍及華人開拓團在蘇門答臘島東岸登陸，會合巨港華人武裝向亞齊王國的腹地進攻。亞齊軍除了蘇丹親衛部隊外，大多數也是有多個地方封建主私兵組建的部隊。在自己的老巢受到威脅，腹背受敵，攻城無望的情況下，在中華軍發動反擊的第一天，數萬亞齊封建小邦主的私兵首先崩潰。這些已經完全不成隊伍的亞齊人紛紛奪船渡過海峽，想要逃回蘇門答臘島去。南洋艦隊的戰艦全力封鎖海峽，火力全開，炮口下毫不留情，馬六甲海峽東南段徹夜被火光照亮。