在靖海王尹峯和中華軍將注意力集中在遼東時，剛剛平靜了幾年的南洋地區又一次掀起戰火.帶頭的還是那些馬來人蘇丹國，包括蘇門答臘島上的亞齊，馬來半島的柔佛及北大年等。起因是婆羅洲的幾個馬來人蘇丹小國被新崖州的華人開拓團滅國、以及爪哇島原馬達藍蘇丹餘部以伊斯蘭教聖戰名義造反。。
華人在婆羅洲本來就有着很大勢力，由於那裏有金礦，因此華人開拓團紛紛來到這片密佈熱帶雨林的土地上。開拓團爲了黃金什麼都能做得出，除了與中華聯合公司關係很好的文萊蘇丹國外，很多小蘇丹邦國因此被華人開拓團滅掉。天啓二年的元月，其中有一個小邦國的王子在滅國前跑到了亞齊，成功鼓動起了亞齊人的**情緒。這是亞齊挑頭攻擊馬六甲的直接原因。
另一方面，經過第二次爪哇之戰，也就是上一次的南洋大戰後，荷蘭人被趕走、馬達蘭邦國覆滅，荷蘭東印度公司的巴達維亞城被中華軍佔領，重新被叫做雅加達。爪哇鎮守府正式成立，設立了東中西南爪哇等四個縣。這個島有着經過火山灰肥沃的土地、適宜水稻、甘蔗種植的氣候，吸引了大批華人移民到來。井裏汶、泗水等地的原各家華人家族全都向中華軍輸誠，有一些成了地方官。此後幾年，幾十萬華人分批到來，五年之內就達到二十萬人以上，大多是長江以北各地的災民和福建等地的貧民，跟着移民來到爪哇的還有閩浙粵等地的商人，兩淮鹽商、浙商等都有人攜帶大量資金來到爪哇島，大手筆買下土地，開設了華人經營的大農莊。
島上的馬來人本來就分處多個邦國，並無什麼民族團結意識，普通百姓是一盤散沙。因此爪哇島北面的大片土地很快被中華軍強行徵收，馬來人未做什麼抵抗。這些上好的土地拍賣給了各家華商，或者建立起直屬中華公司的移民農莊，或者是中華軍軍屯基地。
不久，一些泉州回族商人也來到了雅加達。這些人給中華軍對爪哇島的統治帶來了麻煩。中華聯合公司內部的主要董事級大佬中，泉州人及泉州周邊地方人佔多數。因此，泉州回回商人得到爪哇鎮守府及中華公司南洋分部的大力支持，很快在井裏汶、泗水、萬丹等地佔據了大宗貨物批發貿易的一半份額。
長江以南各地的回族商人紛紛趕往爪哇島，建起了不少中國穆斯林居住區，爪哇島上出現了以中文作祈禱詞的清真寺。
實際上，在十五世紀中葉以前，爪哇島主要的穆斯林傳道者都是雲南等地過去的中國回族人。在明朝鄭和船隊的支持下，非穆斯林的華人武裝被消滅，華人穆斯林團體被扶植上位，哈納菲教派華人穆斯林社區成爲爪哇島伊斯蘭教傳播中心，華人穆斯林成爲所有馬來人信徒的指導老師，本地信徒在清真寺作祈禱時用的是中文，夾雜阿拉伯語。下西洋的航行停止後，貿易衰弱導致南洋各國的哈納菲華人穆斯林社區隨之衰落，華人穆斯林社區的清真寺也漸漸地轉變成爲三寶公廟，在三寶壟、安哥等地華人穆斯林越來越少。最後，那些伊斯蘭教士放棄了以中文傳教的做法，開始以爪哇語傳教祈禱，大力發展本地人的穆斯林社區。
泉州回族人來到爪哇，是近150年後中國穆斯林重返爪哇島。新的華人穆斯林社區建設了新的以中文傳教的清真寺，回族阿訇們秉承祖先的宗旨，還向所有土著穆斯林開放。泉州回族商人以清真寺爲中心，開辦不少工場、商鋪，招收土著爲他們工作。大批失去土地的爪哇土著成了華人的僱工，還開始去以中文傳教的清真寺禮拜祈禱。
這就直接侵犯了爪哇島上伊斯蘭教高層教士的利益--他們的收入大大減少了。
雖然爪哇島土著穆斯林的教義祖師爺確實是中華回族阿訇，但此刻爪哇島本土政權大都已經衰落覆滅，能夠維繫爪哇島土著原統治階層統一關係的就剩伊斯蘭教了。那些土著穆斯林教士是維繫土著高層的紐帶，他們的不滿引起原先各個蘇丹國統治階層的共鳴，因此在中華軍北伐女真八旗戰役打響的時候，爪哇島爆發了宗教騷亂。在土著穆斯林教士帶領下，以教派之爭爲藉口，土著們攔截去華人清真寺作禮拜的本地人，進而衝擊回族清真寺，然後就是對華人穆斯林社區以及所有華人區的燒殺。
首先是三寶壟，然後是泗水，幾天內以宗教名義掀起的暴亂蔓延到了井裏汶、雅加達、萬丹，遍及爪哇全島。各地華人民兵包括莊丁隊和保安隊、開拓團組織了抵抗，一時之間爪哇島上再一次烽火遍地。
爪哇島原馬達蘭蘇丹的一名王子趁亂逃到了蘇門答臘島亞齊王國，向亞齊求援。亞齊人正打算進攻馬六甲，無暇去爪哇幫忙，就鼓動與其結盟**的舊港蘇丹出兵幫助爪哇人。
蘇門答臘南部各蘇丹國聯軍開始集結在巨港，攻打巨港的華人區。同時，巨港軍隊渡海襲擊萬丹及雅加達。
天啓二年元月，在遼東戰事暫時結束之際，南洋各地馬來人的****正式升級爲反中華靖海王的戰爭。
爪哇鎮守府鎮守使吳浩，原是李麗華衛隊隊長，上一次南洋大戰井裏汶商館保衛戰的功臣。旅部駐在雅加達的中華軍爪哇旅旅長祖光鮮，在上一次南洋大戰時，原是南洋旅駐紮井裏汶王城的一名哨隊指揮官。
這幾位長期駐在爪哇，是中華軍中最熟悉爪哇情況的指揮官。他們很瞭解爪哇人一盤散沙的實際情況。雖然這一次爪哇**暴亂有宗教爲紐帶，但還是有東爪哇的巴蘇魯安、帕章等地爪哇封建主站到了華人這一邊。這幾個爪哇封建主原先就是馬達蘭蘇丹家族的世仇，在得到泗水華人家族的武器援助後，在馬達蘭反叛軍攻打泗水時突襲了他們後方，幫助華人守住了泗水城。
吳浩、祖光鮮等一開始也沒太注意轄境內的原住民**，但在事情鬧大後，就立刻聯繫那些平常結好華人的爪哇封建領主。以原馬達蘭國人爲主的**叛軍一舉一動，基本都被中華軍得到了消息。中華軍及各種民兵武裝及時調整部署，以少量兵力堅守各地屯田農莊、移民村的堅固堡壘，南洋旅主力分駐主要城市。泗水、三寶壟、井裏汶、雅加達、萬丹這些重要城市及港口，也是主要華人商業中心，都經受住了爪哇叛亂者的第一**擊狂潮。
隨着南洋艦隊援軍的到來，以及泗水華人組建的華人開拓團、東爪哇人、巴厘島人聯軍開始出擊，爪哇島的局勢在天啓二年三月開始扭轉。爪哇各地華人武裝及土著盟軍在南洋艦隊陸戰隊幫助下，相繼轉守爲攻。
馬六甲是南洋艦隊的主基地，在天啓元年這一年中，南洋艦隊的主力一部隨要塞總管鄭芝龍出擊錫蘭島，一部回援廣東等地支援主力北上遼東的臺灣艦隊。因此，在南洋各地馬來人叛亂開始時，馬六甲要塞只駐紮了南洋艦隊的一艘戰列艦和十幾艘雙桅炮艦，以及馬六甲要塞守備團的兩個營1000名步軍守備團主力跟着鄭芝龍去錫蘭島和荷蘭人作戰去了。另外，就是還有柔佛、馬六甲華商開拓團、馬六甲各地華人屯田農莊的團練民兵，擁有各種雜亂武器的民兵武裝總計在2000人左右。