在中華軍在勿裏洞集結兵力的時候，亞齊軍在距馬六甲東南16裏處之蓬果爾登陸，向馬六甲城堡推進.葡萄牙馬六甲殖民省司令官德.方西沙只能率葡萄牙士兵二百出外抵抗。僅僅200名葡軍，硬是將亞齊軍隊5000人擋在馬六甲城堡外圍海灘一線整整20日。
亞齊蘇丹伊斯坎達爾.穆達放下了自稱“無敵勇士”的架子，派人去向荷蘭人、法國人求助，希望他們派陸軍登陸助戰。荷蘭人和法國人卻只願意留在馬六甲海峽的軍艦上，放炮給亞齊蘇丹助威。
德.方西沙司令官積勞成疾，因病而由馬六甲城防司令德.瑪亞繼任指揮。這位年輕的指揮官是在果阿官位拍賣會上花錢得到這個職位的（葡萄牙人的賣官鬻爵是公開拍賣的），是個不學無術的貴族花花公子，他一開始帶兵打仗，就被亞齊軍擊敗。於是亞齊軍三千人進佔三寶山，亞齊蘇丹伊斯坎達爾.穆達即在以鄭和爲名的山上的教堂建立總部。另一葡將韋沃斯率軍士350人駐守於馬六甲城堡外的恰裏據點，也被亞齊軍所擊破，亞齊軍遂佔領聖約翰山，毀山上的大教堂，並居高臨下地威脅着市區，借用荷蘭人的大炮轟擊馬六甲城堡。馬六甲已十分危殆。
就在此時，中華軍馬六甲特遣艦隊突然出現，總計有三艘飛字號戰列艦、一艘遠字號戰列艦、30多艘縱帆巡洋艦及福船炮艦、上百艘快艦與輔助艦船。浩浩蕩蕩的艦隊從馬六甲海峽東口衝入，與荷蘭人、法國人、亞齊人的艦隊展開了海戰。
荷蘭、法國聯合艦隊總計不過十餘艘戰艦，能和戰列艦級別相抗衡的戰艦隻有荷蘭人的赫克託號。在海戰中，中華軍得理不讓人，以數量質量的優勢，將敵軍艦船統統擊沉。那些亞齊人的舢板和馬來型小帆船，根本就沒有機會戰鬥，被中華軍戰艦用炮火擊毀了一部分，其餘的一半都逃跑了，亞齊水軍提督中華軍戰艦俘獲。荷蘭人、法國人聯合艦隊全軍覆滅後，只有少數人逃回了蘇門答臘島，僥倖活下來的人都被中國人俘虜。
馬六甲海峽的控制權一天之內就落入中國人手中，這一下，在馬六甲城堡附近的亞齊蘇丹登陸部隊成了一支孤軍。
亞齊蘇丹伊斯坎達爾.穆達夢想着恢復昔日馬六甲王國興盛時期的疆界。他的夢想和馬達蘭蘇丹阿貢的夢想一樣，生不逢時，正好遇到了尹峯和中華公司的崛起。如果沒有尹峯，他們在原本的歷史軌道上，還能各領風騷幾十年的。尹峯沒有給他們機會，中國人的大軍蜂擁而至，一下子將“山中無老虎、猴子稱大王”的亞齊蘇丹打回原形。趙鐵帶着第一師兩個團精銳步兵登陸馬六甲，第一仗就輕鬆奪回了聖約翰山。
趙鐵覺得打亞齊人很不過癮，分兵四出：一團主力穿過馬六甲城堡北上，一舉將集結在馬六甲北面的馬來半島各土邦聯軍擊潰，柔佛、彭亨、丁家奴、吉蘭丹、雪蘭獲、霹靂等蘇丹小邦聯軍損失慘重。彭亨蘇丹當場反戈一擊，站到了中國人、葡萄牙人這一邊，翻臉和昨日的盟友打成一團。
另一路中國軍隊以一個營的兵力夜襲三寶山，險些俘虜了亞齊蘇丹。亞齊軍大敗，只剩下數百人保護着蘇丹伊斯坎達爾逃往柔佛。沒成想陣前倒戈的彭亨軍隊在半路攔截了他們，將亞齊蘇丹俘虜後，作爲投名狀送給了中華軍。中華軍也在追擊中擊敗了吉蘭丹蘇丹的軍隊，俘獲了吉蘭丹蘇丹。趙鐵還毫不客氣將柔佛的新任亞齊總督俘虜，隨便宣佈原柔佛蘇丹國已經成爲中華公司直接管轄地區。作爲對彭亨的獎賞，趙鐵將吉蘭丹的一部分劃歸彭亨蘇丹國。
從果阿趕來的葡萄牙武裝船隊由博特.羅指揮，五艘武裝商船在馬六甲和中華軍百餘艘戰艦匯合。然後，中華軍艦隊橫掃了整個馬來半島的沿海，一直殺到北大年海岸線上。然後，中葡聯合艦隊南下蘇門達臘，將荷蘭人、法國人在亞齊的據點一一拔掉。中華公司乘機恢復了在亞齊、舊港的據點，重新開設中華商館，而把蘇門答臘範圍內的荷蘭商館統統趕走了。
在尹峯帶這大部隊攻佔馬達蘭首都克爾塔的同時，中華軍第一師進佔馬六甲，毫不客氣地接防了要塞的所有重要地點。
由於馬六甲總督如今正好缺位，趙鐵就很不耐煩地把一份文件遞交給重病中的葡萄牙司令官德.方西沙：這份文件主要部分是葡萄牙向中華公司轉讓馬六甲殖民地的手續，理由是這十年來中華公司爲葡萄牙人在亞洲貿易中作出的讓步，以及此次戰爭的費用。同時，附上了特別條款：允許葡萄牙商人在馬六甲交易免稅十年。
葡萄牙人有苦無處訴，前門驅狼後門進虎，自己只剩下幾百號疲兵，五艘武裝商船；而面對的中華軍卻有百餘戰艦千餘門大炮，三千武裝到牙齒的步兵戰士已經雀佔鳩巢。葡萄牙司令官德.方西沙代表馬六甲總督，無可奈何地簽署了轉讓協議。這些年，尹峯的葡萄牙文水準沒什麼長進，這份文件是李麗華起草的。她以女人的細心，把每項條款都寫得明明白白，絲毫沒給葡萄牙人留一點情面。所有馬六甲城堡附屬的軍事堡壘據點、兵工廠、火藥庫、物資倉庫、教堂等等統統都被中華軍接收了，連一根釘子都沒放過。
在城防交接儀式上，趙鐵向在場的各國商人、葡萄牙殖民者宣告了尹峯擬定的《海運條例》：在馬六甲以東的西太平洋海域，北至日本南到爪哇，凡在此海域範圍內，從歐洲運到中國的貨物必須由中國船隻或原商品生產國的船隻運送；凡從亞洲、非洲、美洲運送到中國以及中國人各殖民地的貨物，必須由中國船隻或中國殖民地的船隻運送；出口中國貨物商品也必須由中國船隻運送，等等。而葡萄牙人只允許經營馬六甲到澳門至日本長崎這一條航線。今後，中國沿海對外貿易港口主要是臺灣港、馬尼拉、馬六甲、萬丹等四處，這些地方外國商船在繳稅後可以停靠貿易，所有國家的船隻出暹羅等國朝貢船外，一律不許再往廣州運貨。
中華公司以這一通告，宣佈了公司對東亞國際貿易的全面壟斷政策的實施。
尹峯在趙鐵分兵攻打馬來半島各土邦的時候，帶着自己的衛隊離開了克爾塔，回到三寶壟與李麗華會合。李麗華從泗水帶來了泗水華人四大家族的代表，當面向尹峯拜服，並簽訂了大同盟協約：從此以後，泗水華人家族都將遵守中華公司的法規制度。
尹峯在三寶壟設立了中爪哇縣，以三寶壟城爲縣府所在地，將那些原先三寶壟土著地主的土地全部沒收爲中華公司所有，然後將田地分配給第一批移民船隊帶來的1萬多移民。
同時，地方駐守部隊也開始建立，就以原南洋旅的一些部隊爲骨幹。
顏思齊在井裏汶城下擊敗馬達蘭大軍的消息傳來，使得尹峯提前離開三寶壟，前往井裏汶視察。然後，他坐着定遠號戰列艦，沿着海岸線來到了巴達維亞城北的爪哇海海面上。
巴達維亞城內的荷蘭人已經徹底絕望了。