顏思齊打敗了南京經略、兵部尚書張鶴鳴的大軍後，蘇州城明軍守城兵丁主動投降，顏思齊進佔了蘇州.這樣，中華軍佔領了北起揚州、鎮江，南到太湖之濱、蘇州、宜興一帶，東起大海西至長江沿岸蕪湖一帶的大片富庶的江南地區。
江南是明朝最富庶的地方，但是，這富庶屬於皇親國戚、官商、士紳地主和一些勾結官府的富商，和小老百姓無關。尹峯前幾年考察江南一帶時，已經發現蘇松、湖州等地小農棄地爲流民以及賣地成爲大地主佃戶的現象很嚴重。
而江南一帶把佃戶例稱”佃僕”，地主每以佃爲僕，禁止其參加科舉考試。佃農是地主土地的附屬物，佃戶每隨着土地所有權的買賣而換易主人，幾乎等同農奴。紳衿大戶，欺壓佃戶，視其爲奴僕，霸其妻子者屢見不鮮。中華軍所佔州縣，所執行的法律，是大明律和中華公司規章的混合體，因此一般不輕易去觸動官紳豪族的利益。但是對反抗中華軍的地主豪紳一律格殺勿論，抄家分地產。這使得一些奴僕、佃戶看到了希望，他們有些人就有意在在鄉間攻擊中華軍，主動束手就擒，然後供出是主家所指使的。接下來，中華軍就會抄了那些地主的家，把田地分給佃戶、奴僕們。
一般默認了中華軍統治的地主們，大多數人不得不稍微改善一點佃戶的待遇，深怕他們會去鋌而走險、殃及自己的全家。
這時代的官府，政令出了縣城大門，就得依靠地方鄉紳的勢力來執行，基層政權組織完全要靠地主鄉紳來維持，因此大明官府的行政權力在鄉村一級，基本是不存在的，這些權利掌握在地主們手中，鄉紳土豪就是爲所欲爲的土皇帝。
江南更加是朝廷重賦之地，蘇松一帶賦稅之重，在全國首屈一指。嘉靖年之前，蘇松稅糧就已經佔了全國總稅糧的九分之一：
明朝初年，國初總計天下稅糧，共二千九百四十三萬餘石，浙江二百七十五萬二千餘石，蘇州二百八十萬九千餘石，松江一百二十萬九千餘石。浙江稅糧相當於全國九分之一，蘇州稍微少於浙江，以一府抵一省，號稱“天下之最重也”。松江半於蘇，蘇一州七縣，松才兩縣，較蘇之田四分處一，則天下稅糧之最重者，就數松江了。
而萬曆四十五年的稅糧，很明顯是不用交了，想交也沒處交。中華軍宣佈了三年免徵的措施，還禁止地主逼租；對於佃戶抗租的事一律不管，只是讓地主們自己去和佃戶談和，而明朝官府一向是會主動出面幫他們催租的。
這些免徵糧政策深得小自耕農和鄉間小地主的歡迎。至於那些士紳官商，秉承君子不立危牆之下的古訓，沒有勇氣站出來對抗中華軍。而且中華軍軍紀極好，比明軍而言那是一個天上一個地下，老百姓都看在眼中，士紳們的特權雖然失去了官府保護，財產受到了打擊，但是由於中華軍和一般老百姓相安無事，士紳階層很難以此來鼓動百姓起事反抗。
最歡迎尹峯的大軍到來的人羣，那就數商人和工匠了。
最高興的人羣是手工業工匠，江南地區發達的手工業使得中華軍招收工匠的工作十分順利，被中華聯合公司豐厚報酬吸引的工匠們成千上萬地向南京城集中，有的在中華軍臨時開設的絲織廠、軍工廠中已經開始幹活，大多數都要坐船去臺灣、呂宋、琉球、西婆羅洲等地。他們和公司簽訂契約，必須爲公司幹活滿五年後才能解約成爲自由工匠，同時也可以以匠師身份加入公司的各家工場，成爲公司長期僱員。五年期滿後，他們可以回老家，或者自己在公司統治區開設自己的作坊。
商人們現在可以直接和中華聯合公司做生意了，無論商家大小都可以公平買賣，原先壟斷市場的官商、“權商”都隨着逃跑的官府與官軍走了，這些商人因此受益非淺。
商業貿易在這幾個月內，在中華軍統治區異常繁榮起來。甚至在湖州北面的太湖岸邊，也有不少商人就在官軍眼皮底下和中華公司在做買賣。實際上打敗而歸的官軍士氣低落，根本就不想來管小商小販們的這些事。
沿着長江，從上游來的川、湖廣、江西的商家的船隻絡繹不絕，中華軍的大炮鉅艦甚至一直巡邏到了南昌城下，一路爲各商家的船隻護航。官軍長江水師已經全軍覆滅，對中華軍的戰艦完全無能爲力。顧炎武寫文章說：“自萬曆以後，天下水利、碾磑、場渡、市集，無不屬之豪紳，相沿以爲常事矣”。在這種情況下，官商地主實際是控制了工商業經濟的。
但是中華軍的到來，衝擊打破了這些老一套的工商業次序，沒有了官府的保護，官商勾結的以徽商爲主的鹽商、山西晉商等商幫在江南的勢力遭到了重大打擊。他們沒有了官府的保護，根本無法和中華公司在公平買賣的基礎上進行實力競爭。
同樣，在中華軍佔領的江南城市中，原先胥吏官紳對商人敲詐勒索現象，隨着官府官兵的逃亡，立刻消失了。嘉靖後期以後因爲吏治的日益敗壞，兩京大小衙門紛紛以“和買”爲名，挨家挨戶敲詐各行商戶，即使是那些沒有採購權的衙門，也千方百計派皁隸到市場上以半價蒐羅貨物、甚至以原價十倍以上的金額進行訛詐。
尹峯在南京考察期間，雖然時間不長，卻也聽說了應天府從差人、門吏、書辦等開始，每個衙門中人常常要對商戶們百般刁難，各出票令皁隸買物，其價卻常常只給一半。如扇子值二錢者只給一錢，如此等等，被定爲“和買”的鋪戶有因此破產的。
南京皁隸俱是積年老吏，給商人的票上標出“至本衙交納”，等商人第一次來送貨，就言其不好，打上十大板踢出衙門。皁隸持票沿門索取，一家得銀，復至一家。南京大小九卿衙門堂屬幾二百餘員，幾乎個個都是敲詐勒索的好手。而這種情況已經成爲路人皆知的風氣，所以商戶們寧肯幹脆直接向這些胥吏奉足賄賂，也不願意在“和買”的幌子下遭受其勒索之苦。
尤其是當時官府對商戶的敲詐是“一家得銀，復至一家”，公開進行的。中華軍佔領南京後，趕走了南京大大小小的官員，從臺灣派來了自己的官吏，剝奪了幾乎所有胥吏皁隸的權力。中華公司的政治制度實際也是中國式至上而下的，但是職權分明、結構層次簡單有效，各級官吏出自政治學院，被灌輸了軍事化的紀律和廉直觀念，學習了數字化精確概念，並且有着直接向尹峯負責的商情部等監督部門，極少貪污現象。
而且中華公司畢竟是商人集團起家，非常推崇公平買賣的觀點，基本不存在以權力入股的現象。當然，中華軍是公司最大的後臺，但是中華軍宣傳的軍國民一體精神，和軍隊集中統一的紀律和體制，決定了軍人很少有機會欺凌百姓。
南京城的大多數商戶和小民對此拍手稱快，很多老百姓就此希望中華軍不要走了。
當然，也有不曉世事的書生來鬧事。他們有人來到南京，在大街上罵“賊”，或者是要面見尹峯勸說他歸降朝廷。做這種無聊事的人中，就有理學大家劉宗周、松江華亭（今屬上海松江）人夏允彝。