大明朝有史以來，大約只有土木堡之變的慘敗程度，能夠和京師東郊的大敗相提並論了.
京營精銳（是否是精銳現在誰也沒法知道，因爲絕大多數參戰的精選出的“精銳”京營兵丁都再沒有回過軍營。）損失了三萬。除山海關總兵杜松所部外，其他各鎮勤王軍隊只有1萬餘人逃回了京師。
十多萬大軍一日之內全軍崩潰，這樣重大的打擊幾乎把所有朝廷官員都打蒙了。所有人都不知所措，在朝堂之上，大傢伙吵得沸反盈天。近在咫尺的海寇大軍似乎馬上就能打進城，但是滿京師的文官武將卻沒有一個能拿出切實可行的，能夠應付危機的方案。
只有兩個人還能保持清醒，立刻去皇宮勸說皇帝出巡：內閣首輔方從哲，兵部尚書黃嘉善。
中華軍在戰場上大勝後，一些將領有些衝動，沒有理會陳衷紀收兵回營的命令，攆着朝廷軍隊敗兵的屁股，一路追殺明軍，跑得最遠的一支部隊甚至攻佔了昌平。
昌平的薊遼總督汪可受手下不過幾千人，其餘的都是毫無鬥志的潰兵，編制徹底混亂，無組織無紀律。
追殺到昌平城下的是學生軍營。營長王朔望年輕氣盛，官軍敗得太快，他的部隊作爲預備隊，還沒來得及參加戰鬥，戰役已經結束了。他很不甘心，乘着在傍晚接到打掃戰場的命令，擅自帶隊向昌平方向追擊。路上有兩哨水手陸戰隊、第一師一旅的一個哨隊也在賣力地追擊明軍，於是這1000號人共推軍銜最高（少校）的王朔望爲頭，一齊向昌平進發。他們沒有重火器，只帶着五十餘枚霹靂火箭。
他們在第二天黎明來到昌平城下，在東門200步外的平原上以專用發射架架起火箭，一口氣把五十餘枚火箭全射進了昌平。
驚慌不安了一個晚上的明軍兵丁睡眼惺忪，猛然間被爆炸聲驚醒，呼嘯一聲，炸營了。
一開始，汪可受的直屬標營還能控制住四門的局面，然而當學生軍吹響了海螺號後，被昨天的敗仗嚇得還沒緩過神來的明軍士兵就徹底亂了套。
昌平城四門大開，所有兵丁一股腦兒往外逃，空着手什麼都不顧了。
東門逃出來的兵丁迎頭撞上了中華軍學軍營，立刻跪下投降。其餘的兵丁四處亂竄，一會兒功夫昌平就成了空城。
王朔望和兩個水手陸戰隊哨長面面相覷，滿腹狐疑。他們派出人手入城偵查，發現官軍確實是跑了，這才放心地進城。在京營中軍帳，幾名水手發現了上吊自盡的薊遼總督汪可受。
王朔望等人被自己的戰果嚇了一跳：昌平城內各種物資堆積如山，不僅有供應十幾萬大軍的糧草，還有大量的火藥，無數的冷兵器、火器，還有五十萬兩銀子這些銀子朝廷原本是打算犒賞三軍的。王朔望他們總共才1000多人，無論如何是搬不走這些東西的。
水手火槍隊監軍麥海生聞訊趕來，也被這麼多物資嚇了一跳。他一面分派人手去京師北郊設防，還把捉生手、偵查兵派往各處設立警戒哨，同時，他派傳令兵去大營報告，讓陳衷紀趕緊派人來搬運這些戰利品。
還好，雖然京營官軍還有五六萬人，但是此刻在城內蜷縮着根本不敢出城。陳衷紀組織了附近地方的幾萬百姓，還把第一師的大半兵力都派來搬運物資。中華軍在昌平城足足忙了三天才搬空了所有物資，期間沒有受到任何官軍的干擾。大明朝廷從半個帝國範圍內集中起來的物資，全部被中華軍奪取了。
除了昌平的物質以外，在京師東郊戰場周圍，中華軍還繳獲了清硝八十萬零六千九百五十斤、硫磺十七萬六千二百八斤、火藥五萬五百斤，另外還有大小鉛彈十萬斤、大小鐵彈二十五萬三千二百個，大小火炮、鳥銃快槍、佛郎機銃等五萬多具。還有各種馬、牛、驢、騾子等五萬多頭匹，大車等車輛近三千多輛。昌平繳獲得物資以糧草爲主，由此一舉解決了中華軍北線部隊的過冬糧草供應問題，而且還遠遠有得多。陳衷紀下令劃撥出大批糧草，開始在京師周圍、天津衛等地給各地百姓分發糧食收買人心。
繳獲如此多火藥，如果不是明軍的火藥質量較差，中華軍的軍火補給負擔都可以減輕很多了。中華軍在天津衛軍火作坊的基礎上，開設了臨時兵工廠，利用繳獲的火藥加工製作大量霹靂火箭和手雷、地雷等玩意。優質的火槍發射藥、大炮發射藥和開花彈填充炸藥，那還是得靠臺灣供應的。
昌平陷落使得京師內的朝廷大員們的神經全都瀕臨崩潰了。不斷有朝廷高官棄職而走，大大小小的勳貴皇親國戚紛紛逃離北京。戰前實施的嚴守城門，不許朝廷官吏擅自離城的規定已經無人理會，管理城門的監軍太監也有棄職逃跑的。連續數日,大車小輛絡繹而出城門京師人心動搖。但是，朝廷方面感覺奇怪的是：海寇-中華軍在攻佔昌平後，卻停止了進一步的軍事活動。
方從哲、黃嘉善提議皇帝西狩洛陽或長安，也可設鳳陽爲“行在”-臨時首都，也就是南遷。同時還建議留太子在京師。萬曆皇帝猶豫不決、未置可否，他在大內深宮待了幾十年，足不出皇宮，不想離開。他也指望着勤王大軍能夠及時趕來，挽救危局。
但是一大幫言官卻跳了出來，抨擊說內閣幾位大學士“貪生怕死，慫恿天子棄祖宗陵寢與不顧，乃是奸臣無疑！
也有大臣唯恐皇帝南遷時留下自己輔佐太子守京師,變成替死鬼,即使隨駕南遷,一旦京師失守,也說不定也由於自己曾經主張南遷而替人受過。於是大臣們一個個唯唯諾諾,不置可否。一部分廷臣如左都御史李邦華,則主張“皇上自然守社稷”，不可以西狩或南遷。況且南都也已失守，南遷恐怕也不安全。於是，放着城外虎視眈眈的中華軍不管，朝廷諸大臣又開始分立黨派，互相攻擊“君子小人”、“奸臣佞臣”，又一輪爭吵開始。
萬曆皇帝這幾十年來已經洞悉文官階層的**病，但是他並非有爲之主、無力也無心徹底改革政治。在這個當口，朝臣們又開始爭吵不休，使他對朝廷大臣失望已極。一日，他召集諸大臣商議遷都之事，又有人提議派太子去鳳陽或者洛陽監軍，幾名言官則攻擊此人“居心不良”明朝後期的言官已經成了政治黨爭的先鋒官，沽名賣直的僞君子，爲了能“青史留名”，不切實際、罔顧事實地上綱上線是他們的拿手好戲。
萬曆皇帝心裏大怒，拍了拍御座扶手，大聲道：“祖宗辛苦百戰，定鼎於此土，若賊至而去，聯平日何以責鄉紳士民之城守者?何以謝汪總督等失事諸臣?且聯一人獨去，如宗廟社稷如何?如祖宗陵寢何?如京師百萬生靈何?逆賊雖披猖，朕以天地祖宗之靈，諸先生全力輔佐之力，或者不至於此。如事不可知，國君死社稷，義之正也。朕志已決!”
方從哲一聽此言，大爲失望，趕緊出來勸說道：“陛下爲社稷黎民着想，請遣太子殿下去鳳陽監軍，以圖剿寇大計！”
萬曆皇帝在寶座上嘿嘿冷笑道:“諸大臣在此地輔佐朕經營天下十幾年，尚不能濟，哥兒孩子家，做得甚事?先生早講戰守之策，諸位大臣共思破敵之策，此外不必再言。”說完，萬曆皇帝拂袖而去。