葉華、李星等人在北固山上忽然發現：南京城煙塵四起，城北鍾阜門、金川門、神策門以及玄武湖一線的明軍全軍潰散，南京城北門戶大開.聽到傳令兵的報告，中華軍南線部隊的主要高級將領都不由地目瞪口呆：南京城已經被攻破了！
這時，東城朝陽門，南城通濟門、正陽門，西城三山、石城、清涼、定淮、儀鳳門等處的明軍守軍，紛紛打開城門，一羣羣地衝出城外。他們不是去攻打中華軍據守的各個城外製高點，而是紛紛奪路而走。
紫金山、富貴峯的中華軍、聚寶門的鄭芝龍部隊，以及在金陵城外西南地區巡邏警戒的中華軍巡邏部隊，紛紛發出緊急信號，幾十支火箭升入高空爆炸，火紅的煙花信號傳遞着一個訊息：明軍大隊已經棄城而走！
尹峯聞訊也是喫了一驚，疑惑地抓着傳令兵問道：“什麼？你說朝廷軍隊已經棄城而走了？這，這南京城就這麼被我們攻佔了？”
傳令兵吞了口唾沫，點點頭道：“氣球觀察員報告，城內的官兵都在向南逃跑，北城所有城門都已經打開，我軍將士正在入城。城內暫時還沒有發生巷戰的報告。”
先前的情報中，傳說南京明軍有十萬之衆，還有不少周邊明軍進入城內協防。可是僅僅是北城神策門一處被攻破，就導致了南京全城的防禦徹底崩潰，這個結果是尹峯也始料不及的。
“這朝廷軍隊，比我們預料中的還差，居然就這樣棄城不顧了！這可是南京城，太祖皇帝的都城啊！”曾山跺足而嘆，也不知是爲了誰而懊喪。
尹峯立起身，對親衛隊長林躍說道：“趕緊讓海魂號準備出發，同時放出信鴿告知臺灣：南京已下，請曾二太爺速來。”在場的衆人都缺乏在內地省份管理政務的經驗，中華公司的統治體系也沒法一下子搬到南京城內來使用，也沒有這麼多的人手可調用。掌管南京這麼大的城市，這是中華公司打從建立起還從來沒有過的事。所以，尹峯此刻想到的就是曾棋老爺子，整個中華公司體系內，文官人才之中，只有曾棋擔任過州府一級的地方官。
他轉身對曾山、徐鴻基等人說道：“南京城如此輕易被我們攻佔，這是我們事先完全沒有預料的。當務之急，是穩定城內局勢，皇宮絕對不可進入，各家勳貴也不可輕易去觸動。請二位在商貿部和中華軍之中選一批文職人員，帶着他們迅速入城，接管政務，發出安民文告，懲治乘火打劫者，清剿亂兵、實施戒嚴等事項，都要趕緊着手去做。真是麻煩事，我們事先可沒有打算一下子就接收如此大的一個金陵城啊！”
距離南京城南聚寶門二十裏的牛首山上，顏思齊一直到當天晚間纔得到消息，南京城已經被攻佔了。一開始他也是被驚呆了，不過很快哈哈大笑起來，拍着身邊的大樹道：“堂堂朝廷官軍，竟然如此不濟事！哈哈，我們在這裏守株待兔也沒什麼意義了，傳令第五旅全軍，準備出發，全體輕裝，攜帶七日乾糧與火藥子彈”
副旅長、第五旅監軍吳浩（原巴達維亞中華商館護衛隊長）趕緊抓住顏思齊：“振泉老弟，上頭還沒有命令啊，我們不能擅離汛地！”
顏思齊搖搖頭，拍拍吳浩的肩膀說：“沒關係，尹船主是明白人，他馬上會傳令我們向南進軍的，打得越遠越好呵呵，聽我得沒錯，如今整個江南就像是脫光了衣服的美女，我們不趕緊衝上去，天與不取就是自取沒趣了！”
說着，顏思齊一連聲地發佈命令，整個第五旅都開始行動起來。雖然第五旅是新編成的部隊，但是基層幹部和中級軍官都是顏思齊原南洋團、第五團的老人，在行軍作戰上最擅長的就是靈活機變，而且都對軍務非常熟悉。當下，顏思齊只留下兩個哨隊，配合附屬他指揮的炮兵營守衛牛首山據點，其餘第五旅兩個團加一個營的部隊，總計4200多人馬，立刻下山南下，攆着南京守備軍的敗兵追了過去。
當尹峯的傳令兵帶着命令急匆匆地來到牛首山時，只在山上堡壘中看到留守部隊的指揮官。這道尹峯緊急發出的命令越過了李星，是直接傳遞給顏思齊本人的。當李星在搜剿南京城潰兵時，顏思齊的部隊已經連夜急行軍，迅速接近了句容。
明軍潰軍分屬多支部隊，大約有近4萬人逃離了南京。他們在開城逃跑時基本上失去了統一的指揮和編制，完全像沒頭蒼蠅一樣到處亂竄。潰兵們的目標就是離開南京城越遠越好，所以基本上逃跑的方向是指向東南方。
沿途各州府縣都受到了潰兵的衝擊，各城守軍受到了驚嚇，紛紛跟着大股潰兵棄城逃跑。結果，顏思齊的部隊兵不血刃，一路上連續攻佔哦，不能算攻佔，中華軍只是攆着逃跑潰兵的屁股進入了各座城市而已。顏思齊一路上陸續佔領了句容、溧陽、宜興等城，直逼湖州城下。
第五旅除了在路上不慎摔跤受傷二十餘人，以及因病減員三十多人外，基本是沒有遭到什麼傷亡。
除了顏思齊的第五旅部隊，佔據吳淞口的水手陸戰隊也派出4000人的部隊向西南攻擊前進，一路攻佔了嘉定、太倉衛、崑山等地，直逼蘇州城下。
江南大地上的士紳官僚完全來不久對中華軍的迅猛進軍作出反應。
南京城被海寇攻陷，這種駭人聽聞的事一時間鎮住了江南民衆。中華軍畢竟不是什麼異族軍隊，也不是什麼軍紀糟糕、烏合之衆的海盜。平素喊着“治國平天下”的書生文士，在憤怒地面對這支可怕而且陌生的軍隊的同時，也看到了這支軍隊所到之處軍紀優良、不說秋毫無犯，最起碼是在盡力避免擾民。
中華軍擁有大量的海船，擁有穩定的後方基地，可以得到充足和穩定的後勤資源，因此中華軍在所到之地並不徵糧徵餉，相反還打開官府糧倉賑濟饑民、貧民，維持治安、開展貿易。
當南京城內的局勢穩定下來後，尹峯和中華軍將領們才搞清明軍的真實兵力：中華軍的細作、暗樁等諜報人員不可能去一一清點明軍人數，因此都是通過朝廷官員的書面文件中得到的情報。但是，南京守備軍的名額大半被軍官們喫了空餉，因此，傳說中的十萬明軍實際只有四萬五千人。
中華軍佔領南京後，把北城勳貴家族的居住區封鎖了起來，同時也封鎖了皇宮周圍，禁止一切人隨意出入。勳貴世家們除非有意要鬧事作對，否則中華軍只是限制人員出入，並沒有對他們下手。不過，南京守備太監高寀的宅邸被抄了家，高寀的所有手下全被抓了起來。同時，南京府庫被打開，大批糧草被徵用來賑濟南京城百姓。
關於中華軍攻下南京城的各種傳說也迅速流傳各地：有說中華軍統領尹峯是一妖人，能作法平地升空，由空中直入南京城，一舉攻佔了城市。
也有人傳說中華軍的火器都是西洋妖人作法過的，威力奇大，一炮就能轟塌城門還有人說海寇由海上來，巨炮能打十裏，有神物能使炮彈追着官軍的頭領打
比較靠譜的傳說中，尹峯成了王直一般的倭寇頭領，帶領海上二十萬倭寇大舉入侵長江，靠人海戰術淹沒了南京城