中華軍的軍事行動非常迅速，從崇明島南京城，只不過半個月時間.應天府周圍的明軍根本還沒來得及集結起來。沒有人想到中華軍會以這樣大的規模從海上打進長江，而且兵鋒如此銳利，直取南京城。當下，南京城周邊的官兵部隊不是已經被中華軍打敗打散，就是還沒有來得及集結。因此，南京城周圍雖然還有四萬朝廷軍隊，但是卻無人總管，處在各自爲戰的狀態。
漕運已經被切斷、驛路也已經不通，向朝廷報急的奏章得繞道河南送去北京。金陵城內的高官勳貴、官紳士子一片恐慌。南都鎮守太監就是曾經的福建稅使太監高寀，因爲爲萬曆帝搜刮金銀有功，被任命爲南京鎮守太監。他可是直到中華公司的厲害的，因此拼命要求周邊各部隊進城協防。因此，中華軍登陸燕子磯的行動，只在一開始遭到了明軍金山衛、蘇州部隊的阻擊。明軍向灘頭髮起攻擊被打退後，就再沒有行動了，大隊人馬撤退進了金陵城。
南京周邊各個山頭，明軍也沒有派人把守，很快就都被中華軍控制了。燕子磯登陸的第二天，紫金山上中華軍豎起了藍底中字旗。金陵城西面、北面的長江上密佈着中華軍水軍艦隻，把江面完全封鎖了；東面、東南面，鐘山一帶也被中華軍控制；南面牛首山也已經被顏思齊第五旅佔據，金陵城外郭範圍內已經全部在中華軍活動範圍內，水手隊甚至已經在城北太平、神策、鍾阜門外活動了。整個金陵城，只剩下南面可以和外界發生聯繫了。當然，這麼大的金陵城，中華軍也沒想要把它完全圍起來。
燕子磯登陸的第三天晚上，紫金山上臨時炮臺的大炮開火了，轟隆隆的炮聲震動了大地，一顆30斤重實心鐵彈落在了金陵皇城的城牆下。
幕府山上的北固山營地，現在成了中華軍的臨時老營。尹峯並沒有在此地指揮作戰，出發前他事先聲明不參與具體作戰指揮，因此他現在就在燕子磯岸邊的新興號上。老營內是南線行軍副總管葉華、第三師師長李星、水手火槍隊總管林水生、曾山等幾個人在商議。
“官軍都沒長腦子，城外這些重要山頭不守，全都收縮到城內，這不是太便宜我們了嗎？”李星啃着臺灣出產的玉米棒子，笑着說。
美洲來的玉米，現在已經在中華公司統治區大規模引種了。
葉華搖搖頭，看着地上的地圖嘆氣道：“這樣反而麻煩。這金陵城牆綿延七十裏，我們不可能全面包圍攻擊。要想吸引周邊明軍前來，我們必須選擇一個地方重點攻擊，把明軍打痛，周邊明軍纔可能趕來增援。可是，必須打哪裏才能最有威脅？”
大家都蹲在地上，舉着蠟燭看着地圖。
金陵城內，應天府府衙大堂上，一幹明朝重臣正在發愁。在上首的是南京鎮守太監高寀-沒錯，就是原福建稅監高寀，因爲萬曆帝搜刮銀子有功，轉任南京鎮守太監。和他一起坐着的是南京守備、南京兵部尚書吳工亮。
南京六部向來被視爲閒職衙門，地位與北京六部一樣，職權卻幾乎沒有，唯一有權的是南京兵部尚書。這與北京六部以吏部爲尊又不一樣。在南京，地位、權力與南京兵部尚書一樣的是南京守備太監和南京協同守備。
南京協同守備以侯、伯、都督充任，也稱守備勳臣。南京兵部尚書是代表政府，南京守備太監是代表皇帝，南京勳臣是代表勳貴。
協同守備宋候宋章陵正在城北巡察防務，並未參加會商。下首一大羣朝廷高官中，包括了南京六部官員和應天府知府在內的政府官員，還有一大羣指揮使、參將、副將等軍官。最爲衆人矚目的，是曾經奉旨督學於南直隸的南直隸督學御史熊廷弼。
熊廷弼字飛百，號芝岡，湖廣江夏(湖北武昌)人，是朝野聞名的能臣，任遼東巡按期間，努力實現“實內固外”，“以夷制夷”的戰略方針，修建了自海州衛、蓋州衛、三岔河起，經遼陽、瀋陽到開原、鐵嶺、北關止七百餘里的邊牆；增修了清河、靉陽、寬奠、大奠、長奠、草河、熊嶽等七座城池，並修墩臺一百餘座。還建糧倉十七所，每所三五十間，三年之內積穀三十萬石。整頓了軍隊，革去貪污、隱佔等弊端，改變了風氣，充實了營伍。他與北關葉赫部、蒙族各部搞好關係，使努爾哈赤深感不利，不得不採取退縮方針，還故地，革車價，以求和好。
他在黨爭中失利後，來到南京督學，萬曆四十一年因杖死生員芮永縉被劾聽勘，迴歸故裏。今年年初，因爲朝廷禁海引起臺灣海寇起事，千裏海疆告急，朝廷緊急徵調他到南京以監察御史身份參贊軍務，實際上沒有人聽他的主意。
在場朝廷大臣中還有一位從北京被貶謫到南京的高官：已經六十歲的張鶴鳴，字元平，號風皋，潁州人。此人二十六歲中舉人，萬曆年間丙戍科（公元一五八六年）進士，授官山東省歷城縣知縣，升任貴州巡撫，兵部右侍郎、兵部左侍郎，因朝廷黨爭失勢，轉任南京工部尚書。
除此之外，南京城內外來援軍中的最高階軍官是浙江副總兵羅慶，他坐在下首一羣軍官中間低頭不語。剛剛在一個月前，他帶着3000浙江兵來南京協助防守。
明朝朝廷方面對中華軍突入長江，逆流而上的軍事行動完全沒有預料，不過朝廷高官對嘉靖年間倭寇騷擾江北、江南的情況記憶猶新，因此還是下令調動了一部分軍隊來應天、太平、蘇州一帶協防，羅慶的部隊就是這其中之一。
實際上，中華軍剛剛出現在南京江面上，就已經有中華軍軍情部的特工祕密找到了他，要求他協助尹船主搞清南京防禦情況。對於中華軍的實力，羅慶比在場的大多數人都要清楚；他派自己侄兒羅曉明祕密去了中華軍軍校，參加了半年期的軍官速成培訓班，因此他知道明軍對於中華軍而言，差距實在太大了。
因此他暗地裏腳踏兩隻船，明面上表現得很積極，在南京城內到處跑。
“諸位，海寇就在距離城牆3裏外的北固山紮營，今日他們的大炮已經在向鍾阜門、太平門開炮了。前日，紫金山第三峯上的海寇，用大炮轟擊皇宮，居然這炮彈能飛越數里距離，大夥別光坐着不說話，快拿點注意出來啊！”南京守備、南京兵部尚書吳工亮跺着腳、着急萬分地說道：“諸位！逆賊勢大，南京城旦夕破城，到時玉石俱焚、大家都沒好下場的！”
衆人交頭接耳一番，片刻之間又靜了下來。
守備太監高寀急了，尖聲叫道：“這海寇火器犀利，我在福建就見識過，而且殺人如麻，到處宣揚四民平等、商民可與我士紳平起平坐，敗壞綱常禮儀；如被他們打了進來，絕不會放過我們這些人的！”
衆人都知道高寀的經歷，大家低頭依舊不做聲，心裏想：“海寇打進城，多半第一個要殺的就是你高太監了；你在福建可沒少給他們下絆子吧？”
羅慶忽然大嗓門說道：“吳大人、高公公，我浙江兵的糧餉還是早點發放了吧？兵丁們餓着肚子，沒法打仗啊！”