中華軍水軍經過整頓，統一了船艦的分類名稱；飛字號之類的大炮鉅艦成爲“主力戰艦”，三桅炮船之類稱爲“炮艦”，兩桅以下輕快型戰艦稱爲“快船”，整隻艦隊現在擁有“主力戰艦”十艘，全軍劃分成三支分艦隊；第一艦隊轄飛狼、飛豹號戰艦等戰艦巡防颱灣島北方黃海、琉球海域，基地在那霸港，也稱爲北方艦隊：第二艦隊是駐紮臺灣魍港的主力艦隊，擁有主力戰艦五艘，臺北雞籠爲輔助基地，勢力最強，面對的是整個中國東南沿海:第三艦隊也稱南洋艦隊，擁有的快船最多，需要負責的海域也最大，主要基地在呂宋島的馬尼拉港，西婆羅洲的南崖州爲輔助基地.
爲了接應尹峯，中華軍的頭目和公司安全部等部門商量之後，由任臨時總管的曾景山下令讓第二艦隊總動員，對外宣稱是演習。
此時，對自己面臨的危險毫不知情的尹峯正在新興號自己座艙內和傳教士尤文輝等人聊天。
曾棋也在一邊坐着，淡淡地笑着，聽着這位中國籍耶穌會修士的敘述。
林曉如果看到曾老爺子也在這裏，一定會很喫驚；他派往泉州向曾棋通報情況的使者纔到澎湖。曾老爺子是祕密地由金門巡檢司上了新興號的。泉州府衙衙役大半是尹峯中華公司的人，泉州衛衛所兵丁大半已經被尹峯的中華公司收買，金門巡檢司的巡檢和汛兵都是尹峯派出的人，因此曾老爺子偷偷離開泉州上了新興號的事，根本無人知曉。
尹峯要去杭州親自參加股東大會，這是公開的目的。實際上，尹峯此去杭州，是爲了和朝廷重要人物會面。這是曾棋多年以來努力牽線搭橋的結果。
中華公司在沿海一帶與大明王朝若即若離的關係，始終是曾棋心頭的一塊頑疾。曾倩死後，他全心全意爲尹峯的事業奔忙，也是在爲自己的家族命運努力。他不希望尹峯和朝廷最終走向對抗的地步，但也知道，尹峯雖然行事有點衝動，官場政治方面很稚嫩，但卻是個有自己主見的人，根本不可能改變自己的做法，也不可能放棄或改變中華公司如今運行良好的軌跡。
福建巡撫又換了人，前任陳子貞得罪了稅監高寀，被調任到了雲南，現任的巡撫丁繼嗣是個不想多事的主，而且前面兩任巡撫陳性學、陳子貞留下一大堆爛攤子足夠他忙了，所以基本上沒空算計臺灣島上的中華聯合公司。稅使太監高寀幾次三番算計尹峯都沒有成功，如今由於福建全省反稅監的情緒到處蔓延，他的行事也收斂了許多。因此，這幾年中華公司和福建官府方面相互之間基本處於和平狀態，臺灣港把每年交給福建官府的稅銀提高到了12萬兩銀子，已經超過了澄海縣月港的海外貿易稅銀。同時，尹峯還贊助官府開辦學校，救濟窮困士子考科舉，或者就僱傭那些考了科舉的窮秀纔去臺灣做事，因此，整個福建官紳士人階層都很少有反對中華公司的聲音了。
曾棋覺得：應該乘這個時機，和京師的朝廷高官接上關係，鞏固尹峯現在的位置。
以前招安也好、交戰也好，尹峯面對的始終是福建方面的官府代表，還從來沒有和京師的朝廷直接接觸過。
如今在內閣任太子太保禮部尚、書東閣大學士的李廷機是福建晉江人；內閣首輔葉向高則是福建福清進士，檢討禮部右侍。沈一貫罷職後，萬曆三十五年（1607）五月，葉向高晉禮部尚書兼東閣大學士，成爲宰輔。次年，首輔朱賡病死，他升爲首輔，有人稱之爲“獨相”。
當時，神宗已久不視朝，閣臣李廷機又因受輿論攻擊，居家不理政，內閣中實際上僅剩葉向高一人。他前後上奏達百餘次，要求增加閣臣、補充其他空缺官職和停罷礦稅，但是皇帝毫無反應。在朝政日益混亂，黨派之爭愈演愈烈之時，葉本人是個依舊保留着士人良知的官僚，雖然是東林黨元老，但爲官多年，行事並不意氣用事、力求穩妥，和浙黨也能相安。因此他也幾次調解朝廷內部各派紛爭，但因黨派之間積怨已深，調停也難見成效。
而南直隸及江浙湖廣各省連年洪水，大片農田被淹沒至今未退，數百萬生靈轉徙流離，葉向高在奏摺中稱爲“此亦二百餘年僅見之災也。”福建這些年也是連續發生水災風災，流民遍地，很多去了臺灣、呂宋島逃荒謀生。葉向高對福建家鄉很有些感情，看到福建災民在尹峯和中華公司（以華興聯號之名）出錢、官府出面的救助下得救，對中華公司很有好感。
葉向高的表叔林尚炅(字丙卿)是福建富商，在北京經商十餘年，是京師福建會館的領頭人之一；葉向高的表兄薛鳴岐、大姑夫薛如岡都是福州城的著名富商，和中華公司貿易往來密切，薛鳴岐還在中華公司買下了十份股份、投資了五千兩白銀，成了股東；薛如岡則和人合夥打造了一條海船，打着中華公司的旗幟去南洋貿易，賺了不少錢。通過這些人的關係，曾棋終於和大明朝內閣首輔葉向高牽上了關係。
“葉老的侄兒葉成皋在我們公司入股，也算是股東了。此去杭州，他也會來，到時他就會帶着葉閣老的信件來。我們中華公司如果能夠在泉州設立總部，也就意味着朝廷正式承認我們的勢力範圍了。”曾棋年逾六十，老大年紀還在海上奔波，尹峯心有不忍，低着頭做沉思狀，聽着他說話。
“只要朝廷默認我們公司能夠在臺灣操練團練，那麼我們的軍隊也就名正言順了”
聽着曾棋的嘮叨，尹峯總覺得有點不靠譜。他竭力和朝廷搞好關係，這麼做也不是一兩天的事了，但是從來沒能在官府方面得到任何確切的承諾或者法律的認可，反而是背後捅刀子、下絆子的事不少。他招安之後的千戶頭銜頂在頭上好幾年了，打敗了倭寇、幫助朝廷剿滅了浙閩粵沿海多股海盜，卻什麼功勞都沒撈到，官職一直沒有升上去。
當然，官職是否升遷尹峯無所謂，但是朝廷官府對於中華公司地位的微妙態度就是很關鍵的問題了。每年，中華公司駐北京的商館、在福建官府內部的內線都會定期把邸抄寄到臺灣，提供給尹峯等公司高層用以瞭解朝廷動態。從邸抄的一些奏摺中，葉向高其人他也有所耳聞：爲官還算清廉，對商人不乏好感,甚至於爲商人樹碑立傳,這在他同時期的高官中是極爲少見的。更爲重要的是,葉氏認爲,經商與做官並沒有什麼太大的不同,目的都是爲了獲取利益,只不過是謀利的手段不同而已。這是明未高官中少見的坦率直言。他家鄉在福建,作爲濱海地區的一員,瞭解沿海居民“民本食艱”、“以海爲田”,因此,對商人有寬容的一面。但是作爲首輔,葉向高不能不支持朝廷的海禁政策,主張嚴禁通倭貿易,打擊走私海商。
因此，尹峯認爲葉向高是不可能違反祖制全面開放海禁的，也不可能違反他的儒家文化背景，對明朝的經濟結構來個大調整的；所以，葉向高也是沒辦法全面改革明未的政治體制的。而明朝走到萬曆未年，已經象患上重病的病人，積重難返了，除非大刀闊斧的徹底改革，否則是絕無希望的；然而這樣的改革勢必牽動各個利益階層，明朝未年的病弱之軀是否能夠挺過這樣的猛藥，也是未知之數-所以，明未的局勢是不改革會死，改革了也可能會死。