實際上琉球軍在首裏城內外的守軍還有近2000人，包括了鄭迥所部精銳的殘餘力量.而樺山權左衛門久高的島津軍圍攻部隊總計也只有2000多人。平田部困守那霸北部與中華商館對峙，北山各處佔領區也需要駐守，樺山所部已經沒有預備隊了，琉球軍如果做困獸之鬥，未嘗沒有機會戰勝。可是尚寧王和首裏各級貴族官僚在鄭迥的部隊戰敗後，已經完全失去了鬥志，只想着怎麼樣才能保住自己的地位和小命了。
由於倭寇軍隊肆無忌憚地燒殺搶掠，無數首裏周邊地區的琉球難民向相對平靜的那霸地區湧來。
從特種營捉生手的偵查報告中，陳衷紀和商館守衛者的領導層已經知道了琉球國投降的事。
但是島津軍主力卻一直沒有出現。一直過了七八天，這一天一早，陳衷紀上了東門門樓，頓時被眼前的景象嚇了一跳。只見從東面方向的大路上，湧來了數不清的人。婦孺老幼相互攙扶、男子攜帶大小包裹，亂哄哄地鋪天蓋地而來，足足有上萬人向那霸港方向奔來。片刻間，中華商館的外圍全被這些難民圍住了，哭聲震天，大家都要求中國人能開一下大門，讓他們進來避難。
陳衷紀、庫特雷、羅阿泉、張海、麥陽天還有安全部琉球主管曾希任齊聚在門樓上，面面相覷之下，大家心裏都有一個共識：絕對不可開門放人進來。
先不說這些難民中難保不會有倭寇喬裝的，就算這些萬把人全是難民，中華商館也沒這麼大的地方讓他們住，也沒這麼多糧食供應他們。
大夥唯一的選擇就是鐵着臉硬着心腸堅決不開大門。
中午，島津軍由首裏方向趕來了，先頭部隊是500名鐵砲手。他們過了那霸河後，見有那麼多人堵在商館門口，不管三七二十一就開火射擊，子彈橫飛之下，難民們成片成片地倒地，更多的人轟然四散奔逃。
隨後，樺山久高的副將伊集院久元帶領的1500多名島津軍主力趕來了。他們控制了那霸江北岸的地區，開始派出偵查兵災中華商館周圍遊蕩。
一名打着琉球王室的三巴紋標誌旗的使者小心翼翼地走到了商館東門200步範圍內，用有點變調的漢語大聲喊着：“我是大王的使者，要見你們的商館掌櫃！”
陳衷紀用望遠鏡一看，原來是熟人，就是王家廟宇主持宜謨裏主。陳衷紀在戰前拜訪過他，從他這裏搞來了一些薩摩藩的資料。陳衷紀揮揮手，東門開了一條小縫，十名特種營戰士飛速竄出去，圍住了宜謨裏主。
“住持師父，您有何見教？”陳衷紀在東門城樓下見到了中年和尚宜謨裏主。他不確定這個傢伙是爲什麼而來：“您怎麼和倭寇在一齊了？”
宜謨裏主雙手合十道：“陳施主，我家世子何在？”
陳衷紀笑了笑：“他很好，我們把他保護起來了。”
宜謨裏主環顧商館內部的情況，看到商館正堂和倉庫前的廣場上擺滿了大炮，人來人往，各個都全副武裝，攜帶火槍、匕首和不知名的奇怪武器，整個商館瀰漫着戰爭氣氛。他不由地倒吸一口涼氣：“陳施主，你們真的想和倭寇在這彈丸之地決戰嗎？”
陳衷紀點點頭：“商館內十幾萬兩白銀和無數的絲綢錦緞，還有琉球的硫磺、蔗糖，我們的責任就是保護這些公司財產不受損失，直到我們的大東家派人來接收爲止。”
“既然如此，可否放還我家大王的世子？我家大王已經和島津家議和了。”
“議和？是投降纔對吧？”陳衷紀心裏想：沒想到尚寧王這麼沒用，這才相持幾天就投降了。看樣子，島津軍的主力應該全都來到那霸了。
宜謨裏主嘆口氣：“我國是海外一小國而已，國內無可戰之兵，如何能夠禦敵？大明天朝遠在天邊，又不可能爲我小小藩國動刀兵，我們和倭寇議和，那也是無可奈何之舉。中華公司和薩摩藩的恩怨，與我等小國寡民無關，還請放還我家世子殿下。”宜謨裏主本來還有勸降中華商館的任務，但是眼見館內衆人都武裝到了牙齒，個個殺氣騰騰，知道勸降的言詞一定會成爲廢話，也就根本不提了。
陳衷紀搖搖頭：“尚豐王子殿下是我們公司的朋友，我們是絕對不會把他交給倭寇的。你想讓他離開，就請國王陛下的軍隊來接他吧。”說完，他一揮手，特種營的戰士不由分說架起宜謨裏主，把他拖出東門外。臨出門前，宜謨裏主掙扎着回頭喊道：“陳施主，一定要保護好世子殿下啊”
陳衷紀登上東門門樓，見到2000名島津軍已經在那霸江北岸紮下營盤，小濱方向的平田增宗部也派出部隊和主力部隊會合了。
島津軍副大將伊集院久元聽了宜謨裏主的回報，搖着頭說：“冥頑不靈的中國人，居然拒絕了招降？”
宜謨裏主心裏想：中國人根本就沒搭理投降的話題，他苦笑着說：“我是奉國王之令而去的，但是他們不是我琉球國人，我也是沒辦法的。”
伊集院久元點點頭：“那麼，你再去屋良座森城一趟吧，最好能夠勸降成功，否則”
晚間，陳衷紀派在屋良座森城教授火箭使用方法的幾名護衛隊隊員趁着黑夜來到了南門。與他們同行的是琉球國三司官鄭迥的衛隊長謝遠水，還有十幾名琉球王家衛隊士兵。他們趕着兩輛馬車，運載着十多桶火藥和一些弓箭箭矢。
原來，宜謨裏主連夜來到了屋良座森城勸降，當他拿出尚寧王的手諭後，幾乎沒有遭到什麼反對，城堡內100多名琉球軍士兵都投降了。只有謝遠水不願降，帶着十幾名親信華人士兵偷偷離開了屋良座森城，來到了中華商館。至此，那霸港地區除了中華商館以外，已經全部陷落了。
島津軍樺山久高所部擊潰了鄭迥的最後一次攻擊之後，直趨首裏城下，從綾門大道進入王城外圍，包圍了內石基，在正門歡會門與城守兵對峙，相持不下。隨着首裏城以外諸要塞的陸續淪陷，琉球本島已經無險可守，首裏城不可恃，城外薩摩兵隨時可能攻破城池，屆時不僅琉球王城會血流成河，而且將會失去最後談判的籌碼﹑徒然增加死傷。出於這個考慮，尚寧王決定開城投降。如此正中島津下懷，實際上薩摩方面也不能負擔長期的圍城戰鬥，糧食彈藥都已經供應不上了。
琉球方派出名護良豐(馬良弼﹐北山今歸仁城之戰是，不戰而降，這時作爲俘虜在薩摩軍中)﹑尚宏﹑池城安賴﹑豐見城盛續﹑菊隱﹑喜安等人爲談判代表，島津方則由大慈寺龍雲﹑市來家正﹑村尾笑棲負責談判事宜。其實談判也無他，僅僅是琉球方面的投降確認和島津方人質的索取，談判的結果是尚寧與王弟朝倉王子尚豐作爲人質出城。五月四日，尚寧王祭告宗廟之後，與王後﹑大小官員坐轎出城，前往名護良豐宅暫住，後來又轉移到浦添御殿。
王子尚豐卻不在此列，因爲他還在中華商館內避難。
翌日，樺山久高等人開進了首裏城﹐正式宣佈徵服了琉球王國。琉球國全部陷落了，島津軍的侵略戰爭已經大獲全勝-除了那霸港的中華商館還不在島津軍控制之下，整個琉球中山國的上上下下已經完全被倭寇控制了。此後的七﹑八日當中，首裏城遭受了薩摩軍的洗劫。無論“七珍萬寶”還是“代代文書”，不管日本國內有或沒有的珍貴文物，盡被薩摩兵一一編號打包，準備運送回國。甚至連出入王城的大小官吏人等，都被搜身，以防止財物被帶出。這次瘋狂的劫掠是琉球文化歷史上空前災難，首裏王城中歷代國王貢賜貿易得來的中國珍品，遭洗掠一空﹑不復爲琉球所有。此後不久，離島久米島以及宮古諸島也表示降伏。