尹峯向來相信：對於已經發生的問題，最重要的不是後悔，而是要解決問題.得到林曉的報告後，尹峯想起了達斯馬里納斯家族和中國人的三代仇恨。從潘和五時代開始，西班牙達斯馬里納斯家族的兩代人先後成爲菲律賓總督，也先後死於中國人之手。這個第三代的達斯馬里納斯居然是在日本傳教的耶穌會修道士，這是誰都沒法預料的事。
如果真的是他偷走了燧發火槍，那麼必定是有軍營內的西洋人教官做內應的。而達斯馬里納斯作爲神職人員，在教堂裏可以方便地公開和那些西洋人聯繫；同時，傳教士們是可以公開進入外籍僱傭軍和外籍教官住所的，因爲一些西洋僱傭軍和軍官在生病時，只相信西方的醫術。當然，想進入軍營宿舍區的傳教士必須在監軍部領取通行證。丟槍後進入過營區的確實有一名意大利的耶穌會見習修士，而當日值班的監軍部軍官是馬尼拉回來的天主教徒，輕易就放過了這位見習修士，沒有對他進行搜身檢查。
他迅速讓林曉派人查封了教堂，把所有在教堂工作的修道士統統抓起來審查。同時，曾瑞對於所有經常去教堂做禮拜、彌撒的西洋人軍校教官也進行了人人過關的審查。
林曉動用了他當年當衙役時學到的刑訊手段，很快撬開了這名見習修士的嘴；確實是他，在丟槍的第二天，從葡萄牙炮兵教官羅安達的宿舍中，偷帶出了被拆解成零件的燧發槍。而他之所以這麼做，是受到了達斯馬里納斯修道士的宗教蠱惑和金錢引誘。
而羅安達確實是在教堂內被達斯馬里納斯說服，去爲他偷取燧發槍的。整個偷槍計劃是達斯馬里納斯策劃的，而教官羅安達是爲了錢被說服，耶穌會的意大利修士則是爲了給教堂籌集資金。由於葡萄牙人在澳門的貿易情況近幾年來越來越差，因此由澳門撥給耶穌會中國傳教省的資金也越來越少，臺灣主教巴拉達斯如果不是有李躍等中華公司的身爲教徒的股東資助，根本沒法維持傳教會。
“平心而論，耶穌會的人不是爲了自己賺錢而參與這次事件的，他們是爲了給教堂籌集資金，而達斯馬里納斯答應由日本耶穌會提供他們一筆資金，因此”
眼下在尹峯的書房內，李躍、尤文輝等人正在爲耶穌會修士說情。
教堂被封後，一批漢人天主教徒自發來到中華公司總部門口請願，東家和各級掌櫃之中的教徒也來尹峯處爲教會說情。
這並未使尹峯網開一面，而且使他立刻感覺到了教會勢力的威脅。公司高層中很多人也不喜歡洋教勢力，韓平韓京父子在馬尼拉深受教會迫害，因此和魯大海、新任董事黃逞、林曉、曾瑞等人一樣認爲應該嚴懲耶穌會勢力。曾景山如果不是趕回馬尼拉處理年底的土地拍賣大會事務去了，一點也會支持尹峯的舉動。
說實話，明清之際很多中國天主教徒把傳教士視作父母，甚至禁教時期一些信教的村寨立堡自衛，幾乎成了宗教割據勢力。天主教是個充滿擴張性、排他性的宗教，尹峯受到後世傳統政治教育的影響，從來對它無好感；在穿越後，他也是在傳統儒家文化氛圍中受影響，對天主教勢力非常警惕。實際上當時西方各國的天主教教會勢力，根本就是各國殖民政策的先頭部隊，確實不是什麼好東西。明清之際的中國百姓缺乏國家認同，很容易被這種專一獨斷的宗教情緒所忽悠。
尹峯召開臨時董事會，安和平和曾景山缺席，支持教會和反對教會的董事各缺一人。但是，反對天主教傳教會存在的畢竟在董事會佔了大多數。
到現在爲止，尹峯的**作風僅限於在董事會中，一般而言，出於對他的信任，還沒出現過他的提議遭到反對的事。
現在，他提議封閉教堂，暫停各個傳教會在臺灣活動的提議有人反對了。李躍雖然不是教徒，但他的家裏人都是教徒，所以他爲教會出頭反對禁教，他提出了另一個理由：“如果禁教，很多在技術學校上課的傳教士就會離開，一些西洋工匠和教官也會離開，那麼我們的損失就很大了。”
尹峯想了想說：“這是兩回事，李大哥，教會方面私自聯絡倭寇，這就是違反了我們公司的規矩。教會犯了錯就必須爲此負責，耶穌會必須停止一切傳教活動。教堂封閉後，那些外籍人員可以讓傳教士去自己家中做禮拜，反正，我不允許西洋人對中國人傳教了。除非是中國籍的傳教士，纔可以爲我國民衆傳教，而且，我公司可以給那些中國教士發薪水。今後，各個傳教會只要能培養出中國籍教士擔任神職人員，我就允許他們在臺灣傳教。當然，這些傳教人員由我們公司組織管理。”
大家面面相覷，不理解尹峯的意思。尹峯得意地說：“我們這樣就能培養出忠於我們公司的傳教士，這叫做自辦教會。”
中華公司只允許本國人傳教的規定發佈後，耶穌會中國教區震動極大，連遠在北京的利瑪竇都坐不住了。他如今居住在北京宣武門內順城街的新建教堂內，這裏就是有名的北京天主教南堂的前身，另一時空的清順治七年（1650），湯若望在其舊址改建大堂，名“無玷始胎聖母堂”，後稱南堂。
年老體衰的利瑪竇多年來忙於和中國上層打交道，如今已經成功打入中國最高層。臺灣禁教的消息並未傳遍中國官場，這個荒僻的小地方傳教也好禁教也好，基本不會損害影響什麼官紳勢力，因此，京師的官場完全無視了福建官府上奏的臺灣禁教一事。這件事由兩名在福州的耶穌會傳教士上告到了福州巡撫衙門：要求巡撫出面調停開禁。
巡撫徐學聚正在忙於與下一任巡撫交接的事宜，懶得管這事，直接上告到了朝廷，一則爲了推脫責任，二則是臨走時讓尹峯難過一下。
此時的朝廷中樞爲爭奪內閣首輔一事鬧得不可開交，朝廷中央官在萬曆三十年以後，萬曆皇帝消極怠工，朝廷內外幾成“空署”，以至於朝官二品班內，在本年只剩戶部尚書一人。而地方郡守缺員幾達一半。許多官員或以丁憂、或以年老、或以體弱多病，辭呈紛上卻得不到批覆，只好封印拜疏徑自離職。如任首輔的李廷機先後上辭呈達120多次，最後仍只得不辭而別。因此，這種剛剛劃入版圖的偏僻地方的小事情，朝廷大員們根本不關心，所以被自動忽略了。
但是，利瑪竇確實受到不小震動。因爲天主教會在中國境內各地傳教多年，只有在臺灣算是成功的，在七、八萬定居者中擁有教徒近兩千，算是中國境內信徒最多的地方了。如果這個地方突然禁教，難保不會引起各地的連鎖反應，對耶穌會傳教事業打擊就太大了。
利瑪竇年事已高，只好派出即將回國的意大利傳教士金尼閣順道前往臺灣一探究竟。
達斯馬里納斯在冬季來臨之前，繞道對馬海峽回到了日本。之所以要繞道黃海避開琉球航路，就是怕中華公司派人追殺。
仙臺藩的船到達長崎後，達斯馬里納斯沒有回鹿兒島，徑直去了江戶，薩摩藩的島津家家主正在江戶覲見大將軍。