萬曆三十五年（1607年）的農曆五月十八日，中華公司佔領呂宋島兩個月後，兩艘“西班牙大帆船”忽然出現在馬尼拉港外.爲了對付南方棉蘭老島穆斯林襲擊而剛剛出航準備南下的飛虎號戰艦迎頭撞見了兩艘體積龐大的卡拉克型船。於是飛虎號率中華公司水軍第五戰船隊15艘戰船立刻出擊，包圍並且俘虜了這兩艘大帆船，搶佔了船上滿載的拉丁美洲產銀元、銀錠、可可子以及羊毛等物品。中華公司憑空奪得了價值近二百五十萬兩銀子的財物，其中白花花的銀元銀錠有近200萬兩。
要知道，萬曆年間明朝皇家太包銀庫每年得到的全國稅賦收入是300萬一400萬兩銀子左右，由此可見中華公司真的是憑空搶到了一筆鉅款。尹峯是在從澎湖回臺灣後才聽說此事的，公司上下人人聞訊大喜；這一下不但出徵呂宋島的軍費和徵服統治的費用有了着落，連這次澎湖之戰的開銷都彌補回來了。曾棋和李旦用這批資金招撫土著，並且大肆招募華人移民。很快隨着中華公司組織的大批華人移民的到來，馬尼拉附近的地區首先被迅速中國化。
和大帆船一起來的100名西班牙士兵莫名其妙成了俘虜，這其中還包括了前來馬尼拉上任的新任菲律賓殖民地總督席爾瓦。他們從墨西哥的阿卡普爾科，在茫茫太平洋上足足航行了五個月。這個時候可沒有無線電什麼的玩意，西班牙人在茫茫太平洋上什麼消息都不知道，也沒辦法知道，然後就直接撞到了中華公司艦隊面前的。這些俘虜是送上門的禮物，直接增強了中華公司與西班牙帝國討價還價的籌碼。
俘獲“西班牙大帆船”的飛虎號繼續南下宿務，一舉擊潰了穆斯林部隊，擁有輕快艇70艘，戰士4000人餘人的棉蘭老島穆斯林各酋長國聯軍損失了過半的兵力。麥小六帶兵反攻，一舉奪佔了西班牙人不久前放棄的三寶顏炮臺，在南方穆斯林地區的腰部佔據了重要戰略支撐點。歷史上，西班牙人爲徵服南部“摩羅人”，從徵服呂宋一開始就與穆斯林糾纏不休，反反覆覆爭奪三寶顏、比薩揚島等地，沒完沒了地打了三百年，直到西班牙人殖民統治被美國人推翻之前，還在和南部穆斯林作戰。美國人接手統治菲律賓，照樣還得和南部穆斯林糾纏，足足又斷斷續續武裝衝突了一個世紀。在尹峯穿越前的時空，一直到二十一世紀，菲律賓南部穆斯林爭取獨立的戰鬥還在持續，菲律賓政府軍和新人民軍、摩洛民族解放陣線的戰爭打打談談，沒完沒了。
尹峯當時策劃反攻呂宋時，就沒有把南部穆斯林區算在佔領區域內；一則菲律賓南部資源極其有限，不值得費勁去徵服；二則，尹峯並不想讓桀驁不馴的南方穆斯林把對西班牙人的仇恨轉到中國人身上，也不想和穆斯林打個幾百年戰爭。
不過，針對穆斯林乘火打劫、企圖乘亂撈一把的行爲，中華公司如果不把他們一次性打痛打殘，那也是會後患無窮的。所以，李旦極力主張動用中華公司主力部隊攻擊南方穆斯林聯軍。在這一點上，傳統型的中國官僚呂宋鎮守府大總管曾棋，出於他以前在崖州和黎族人打交道的經驗，傾向於息事寧人，甚至想放棄宿務。多虧了李旦的堅持，還有護衛隊趙鐵、麥小六等人都主張先嚴懲後招撫的措施。
在宿務、三寶顏大勝後，中華公司並未深入棉蘭老島地區，只是佔據了三寶顏炮臺據點，派出了泉州回族商人爲代表，去棉蘭老島上談判。中國人比西班牙人多一項優勢：大多數華人本質上是現實主義和兼容幷蓄的民族，對於宗教不會象西班牙人和穆斯林那麼狂熱，所以菲律賓羣島南部的穆斯林和新的呂宋統治者中國人之間，沒有宗教矛盾。
同一時期，潘和五爲首的南洋輔助軍解散，大部分人回了越南，潘和五則留在了呂宋島南部，繼續徵服南部土著部落。爲了早日平定呂宋島，尹峯還把運來屠殺罪犯的飛龍號主力戰艦派回了馬尼拉；新的主力戰艦已經在馬尼拉灣甲米地船廠開工建造，這將是中華公司即將擁有的最大戰艦
萬曆三十五年（1607年）的農曆七月十八日，一支荷蘭艦隊忽然前來臺灣港訪問。而第二天就是預定中審判西班牙殺人犯的日子。
這一天中華公司從澎湖撤回了主力戰艦飛龍號，官軍也在這一天基本撤離了澎湖。尹峯已經正式成爲朝廷從九品小官臺灣巡檢司巡檢，還有個千戶的銜頭。臺灣巡檢司和臺灣千戶所，官府一文錢的費用都沒有出，全得靠尹峯自己來搭起這個機構。他正在盤算如何從福建官府方面榨一點錢，然後名正言順地擴軍；最近他手頭有點緊，年初到現在戰事不斷，軍費開支太大了，而這時都是向海外出貨的季節，白花花的銀子要等下半年才能收回來。他正在煩惱時，卻聽聞荷蘭人艦隊的到來，不由地一拍桌子：“有人送錢來了！”
前一年，荷蘭使臣達·尤該（c.m.dejonge）攜奧倫治親王致萬曆皇帝的信來到暹羅，請求暹羅國王代爲聯絡，與中國直接通商，但沒有結果。今年，1607年初，達.尤該和新任荷蘭東印度公司海軍司令海軍上將麥特利夫(c.matelieff)指揮八艘船隻組成的艦隊前來中國沿海尋找和中國皇帝直接聯繫的機會。艦隊除了主力艦orange號外，還有mauricio號、era**o號、尤妮絲eunice號、delf號、pequenosol號和一艘小艇，全艦隊共551人前來中國，第一件事就是乘前一年澳門被中華公司打敗和佔領的機會，再次襲擊澳門的葡萄牙人。
葡萄牙人還沒有從上一年的失敗中恢復元氣，不過此時澳門駐紮了中華商館的300名衛兵和五艘戰船。荷蘭艦隊企圖襲擊澳門時，遭到六艘葡萄牙船隻和五艘中國船隻的抗擊，損失一艘戰船和一艘小艇，在靠近海岸線企圖登陸時，又遭到海灘上一隊武裝人員大炮火槍射擊，荷蘭船隊只好狼狽撤離澳門海域。
海軍上將麥特利夫聽說中華公司出兵攻打馬尼拉，臺灣本島守衛兵力空虛，而且同時和朝廷的軍隊在交戰中。他對臺灣又動了心思。
但是，艦隊的嚮導是以前的中華公司外籍僱傭軍，在臺灣港待過，他勸說麥特利夫海軍上將放棄這個打算。
“將軍，臺灣港不同於你所見到東亞任何港口，防禦嚴密程度不亞於倫敦港或者我們荷蘭的任何一處港口。我們現在只剩下6艘船了，能夠戰鬥的人員480多人；可是，中國人僅僅在臺灣港北岸炮臺堡壘就駐紮了400多名全副武裝的戰士。還有他們的艦隊，他們的主力戰艦擁有和我們的主力戰艦不相上下的火力！在我離開臺灣港時，中國人正在南岸建造炮臺，而現在應該已經建成；我們的艦隊根本不可能有絲毫勝算！”
海軍上將麥特利夫不相信這位僱傭兵的話，但是出於謹慎小心，他先派delf號快速帆船去臺灣偵察一下。結果，在港口外海荷蘭人正好遇到了飛龍號戰艦由澎湖返航。飛龍號上四十門大炮和船頭千斤重炮把荷蘭人嚇了一跳，delf號快速帆船還沒來得及跑就被範濤的戰船隊包圍了。