從心底裏而言，沈有容並不贊成此時對中華公司開戰.一則他對尹峯其人有好感，並不認爲他一心要造反，只是出生海外不曉得朝廷威儀，需要**和安撫；二則，他雖然認爲中華公司不應該對呂宋夷人妄動刀兵，但是尹峯出兵呂宋，卻是受到沿海各家出海商人所支持的行動，官兵此時去給尹峯背後插上一刀，會使福建的老百姓與官府離心離德。
無奈巡撫、總兵等上司嚴令他出戰，作爲有着標準軍人作風的沈有容沒有辦法，只好聽從命令領兵出戰。
這幾年間，他早就通過漁民、暗探打聽過澎湖的守備情況；事實上每年的官兵汛兵駐防澎湖時，和中華公司的人一向相安無事，甚至這兩年銅山水寨汛兵都是走過場，去澎湖待幾天就回家了。但也因爲這樣，中華公司在澎湖島上的防禦情況，官兵這一方也是比較瞭解的。
中華公司在泉州方面的暗探也打聽到了官兵的動向，澎湖和臺灣都已經有所準備，但是並沒有打聽到官兵出兵的確切日子。沈有容搶在主將羅一聞之前，擅自出兵，再次發揮了他的指揮能力，硬是讓本部水師連夜趕路，由熟悉澎湖水道的郭家兄弟帶路，在深夜裏襲擊了澎湖島。
沈有容就是這樣的軍人，雖然不贊成此次行動，但是一旦動起手來，就力爭要做到最好。
雖然中華聯合公司駐防隊在西嶼的南部海角設置了觀察哨，但是在漆黑的夜晚，沈有容冒險只讓領路船點上一盞燈籠，其餘戰船都跟着這盞燈走。結果，西嶼的中華公司哨兵因爲疏忽沒有及時報警，讓沈有容的40條戰船衝進了馬公港內海。
港內測天島上有一木製臨時燈塔，是中華公司所建，也有哨兵把守。總算測天島的哨兵及時作出了報警，用三磅炮及時發炮告警，頓時整個海灣滾雷般響徹了炮聲。
原先中華軍的駐守地在娘媽宮，就是幾年前和荷蘭人激戰的地方。現在，中華公司護衛隊駐守的商館要塞在馬公港南線的風櫃尾。這裏面對陸地的一面地勢較高，面對着一片丘陵和砂石地；另一面靠近海灣，海岸線完全處在商館要塞的大炮射程之內，海灘狹長，不利於敵人登陸攻擊，第十二戰船隊的船就停泊在那裏。
戰船隊統領是崖州疍民的麥家子弟，年僅二十歲的麥芽子。他們雖然也接到了泉州方面的告警，但無論如何沒想到官兵水師敢於夜間偷襲，大多數水手還在堡寨內睡覺。在當時的技術條件下，海上偷襲的難度可想而知，他們這麼想也情有可原。雖然水手們聽到炮聲趕緊起牀，但是隻有兩艘雙桅船上有值班水手值夜，及時地升帆起錨，其餘的戰船都遭到了浯嶼水寨官兵的火船攻擊，轉瞬間被燒得一塌糊塗。所幸水手們傷亡不大，大多數人還沒來得及上船，自己的戰船就已經着火了。
麥芽子自己倒是在一艘戰船上值夜，帶着另一艘船及時衝出停泊地，用火炮、火藥桶、火箭開路，依仗自己熟悉水道，沿着海岸線衝出了官兵包圍，前往臺灣告急去了。不過，另一艘戰船的弟兄爲了掩護麥芽子，主動掉頭衝向官兵戰船，結果被幾十艘水師戰船圍毆，沉沒在了澎湖灣。
丟掉了戰船的200多名水手及時撤退到了商館堡寨內，協助駐防隊步兵弟兄用大炮和火箭擊退了沈有容的水師。
沈有容的密探從來沒能進入到堡寨內偵查，所以沈有容沒有料到小小的堡寨內竟然有大炮和火箭，而且數量不少。
這一要塞堡寨是個四方形帶石頭圍牆的建築，長寬都是70步左右，四角有望樓，石牆高約一人，每一面都有兩個突出的炮座和敵臺，使得牆角根本沒有射擊死角。堡寨四周挖有一圈一人寬一人深的壕溝，四邊有門，用活動的吊橋來進出。
石牆不高，但是裏面沿着牆搭有木製平臺走廊，剛好可以讓守衛者探出腦袋用火槍向牆外射擊。這種借鑑了所謂意大利式多棱堡體系而建立的小型防禦工事，可以充分發揮火器的作用。而且，堡寨擁有三門二十四磅鑄鐵炮，全在面對大海這一面，是一個月前剛剛運來的中華公司自己生產的最新式火炮；另外還有十二門輕型野戰炮。駐防隊全部換上了帶刺刀卡座的燧發火槍，水手們有一半擁有火繩槍。其餘水手也大半擁有弩箭和刀劍等戰船上的肉搏武器。
按照明朝官兵的配置，堡寨內的560人中百分之八十擁有的火器，這還不包括大炮火箭，那配置實在是太豪華奢侈了。
沈有容的40艘戰船上，除了每艘船上有一門佛郎機銃外，自己手下的近千兵丁，只有五十名鳥銃手，五十名快槍手，其餘全是冷兵器。而且，這鳥銃是早期日本火繩槍的改良品，就是戚繼光從倭寇那裏得到的樣式，80年前的東西了；快槍這是質量更差的火繩槍，沒有準星也沒有託手，射程很近。
因此，沈有容在解決掉中華公司水軍戰船後，剛剛鼓動士兵發起登陸戰，就被劈頭蓋臉的火炮火槍火箭打得措手不及，有多艘戰船被大炮直接擊沉，官兵們被密集的霰彈、火槍鉛彈打得在海灘上死傷一片，其餘的人完全沒有火器戰的經驗，手足無措地在沙灘沙灘上亂跑。
沈有容一時間也有點發懵了，正要下令收兵，忽見堡寨面對大海的北面望樓發出一支火箭，拖着長長地尾煙，帶着尖厲的哨音，徑直撲向沈有容掛着號旗的旗艦。
“轟！”火箭在射程極限處落向大海，在離沈有容座船十幾步開外的海面上炸開，騰起一團火焰，這團火竟然在海面上還能燃燒。這是中華公司兵器研究部剛剛發明的直杆火箭，戰鬥部帶着大量的桐油和火藥，專門用來燒船的。
沈有容雖然身經百戰，卻從來沒有在海上作戰時遇到如此猛烈的火器攻擊，不由地毛骨悚然出了一身冷汗。
不知爲什麼，對方突然停止了射擊。沈有容也不多考慮是否有詐，趕緊把自己的兵丁全數撤回船上，然後把船駛離這片海灘，遠遠地停靠在馬公港海口，距離中華公司商館堡寨足足有五裏地。
羅一聞的3500兵丁，100多艘帆船的大隊在第二天中午才趕到，發現沈有容搶了頭功，羅一聞十分地惱火，仗着自己有總兵朱文達撐腰，抓住沈有容搶灘登陸時死傷過百的事把他斥責一番。然後，他讓沈有容所部官兵水師去澎湖灣口巡防，遠離戰場一邊涼快去，進攻堡寨的主攻部隊成了銅山水寨和漳州衛、泉州衛的官兵。
羅一聞所部官兵首先佔據測天島和娘媽宮構築營壘，一連三天沒有進攻商館堡寨。
中華公司澎湖商館堡寨的守備隊長是原先步兵第二哨的什長趙宣明，是趙家澳趙鐵的一個本家侄兒。他曾經在西班牙使者來臺灣時守衛過港口碼頭，和西班牙人交涉時嚴守紀律，因此到軍校培訓幾個月後，被調到了澎湖駐防隊擔任隊長。
趙宣明很不情願調到這裏來，他想着是去呂宋打西班牙人，爲自己兄弟報仇。如今官兵無端前來進攻，他就把滿肚子火氣撒在了官兵身上。他在戰船隊失利後，把遍佈全島的中華公司崗哨全部撤回堡寨內，放棄了西嶼、測天島和娘媽宮幾處據點，把所有人員和物資全部集中到了風櫃尾堡寨內。