正如嚴嵩所料，皇上要將參與謀逆的藩王宗室全部依律論罪，明正典刑的聖意，如同在金鑾殿起了一聲炸雷，滿朝文武驚懼不已，俯闕痛哭，懇請皇上看在太祖高皇帝、成祖文皇帝及列祖列宗的面子上，對那些天潢貴胄法外施恩，以全天家親親之誼，並慰天下士心人望.
更有甚者，幾位品秩較低，只能恭立在殿門之外的低級官員不顧禮儀，也不懼怕守衛殿門的大漢將軍的阻撓，衝出班隊，一邊嚎叫着太祖高皇帝的廟號，一邊將頭在金鑾殿外的石階上磕得“咚咚”作響。
爲了達到最終的目的，戲還得繼續演下去，御座上的朱厚熜厲聲發出了怒吼：“《大明律》載有明文，謀逆乃是十大不赦之罪之首，你們要朕對那些參與謀逆的藩王宗室法外施恩，又將太祖御製的《大明律》置之於何地？！”
就在君臣僵持不下，朱厚熜作勢要調鎮撫司緹騎校尉拿人之時，嚴嵩出班，跪倒在地，將朝笏擋在面前，大聲說：“臣，武英殿大學士、禮部尚書嚴嵩啓奏萬歲，益逆及其他藩王宗室無論有無謀逆、欺君之情事，實不可一日見容於堯舜之世。惟是如今江南初定，民心思安，臣伏乞陛下俯允羣臣所請，赦其死罪。”
終於有內閣輔弼重臣出面抗諫了！朝臣們的心中同聲稱讚：看不出來，一向奸佞柔媚的嚴分宜竟也有這等風骨。於是都屏住了呼吸，喧鬧的朝堂一下子又變得十分寂靜。
寂靜聲中，嚴嵩開始陳訴改易《宗人法》的主張。他的聲音端正平和，彷彿是在議論一件很不起眼的小事，卻又象是一陣驚雷，將朝臣們都砸懵了：且不說禍延全天下的皇室宗親是否妥當，單是將參與謀逆的藩王宗室遠適海外，就是一件匪夷所思之事——根據《大明律》，囚犯發配共分安置、遷徙、口外爲民和充軍四種；而最重的充軍又分爲四等，最輕一等是沿海衛；上一等是遠邊衛；再上一等是煙瘴邊；最高一等是極邊。但所謂極邊，也都還在建有邊哨衛所的大明疆域之內，這“遠適海外”到底算是怎麼一回事啊？
大多數人還在詫異間，個別人幾乎按耐不住要出班駁斥抗諫了，就見其他三大閣員跟着一起跪了下來，奏請皇上“伏允嚴閣老所請”，還說只要準了嚴嵩所奏，則“家國幸甚，臣等幸甚”。
所有的人都傻眼了：向來波詭雲諉的內閣、向來明爭暗鬥的內閣輔弼重臣何時變得如此和衷共濟了？
這個時候，吏部右侍郎歐陽必進、都察院左副都御史高耀、通政使司右通政趙文華、大理寺丞嚴世蕃等人帶頭跪了下來：“臣等恭請吾皇伏允嚴閣老所請！”
四大閣員，包括嚴黨諸位要員一起上奏，造成了很大的聲勢，滿朝文武都爲之聳然動容，但心裏卻又都是一凜：內閣輔臣，尤其是嚴黨如此大張旗鼓、不加掩飾地集體上奏，實在與常理不符，更有圍攻脅迫聖駕之嫌，莫非他們竟不怕被人扣上一頂“強君脅衆，狂悖妄行”的罪名？
看着端坐御座上雖然深鎖眉頭，卻沒有因此而勃然不怒的皇上，許多人心裏不禁起了疑惑，又似乎明白了一點什麼。
對抗內閣即是對抗朝廷，何況還有那高高在上，刻薄寡恩、喜怒無常的皇上！那幾個已經邁出一條腿的朝臣又悄悄地把腿收了回來，和大家一樣低着頭，開始在心中緊張地思量、盤算起來。
只猶豫了短短的一刻，夏言的同鄉、刑部尚書許熗，翟鑾的門生、大理寺卿劉封兩位大小九卿幾乎同時出班跪了下來：“臣等恭請吾皇伏允閣臣所請！”
接着，朝堂之上的所有人都一齊跪了下來：“臣等恭請吾皇伏允閣臣所請！”
做足了戲，朱厚熜便不再矜持，“勉爲其難”地接受了首輔嚴嵩和全體內閣輔臣，乃至滿朝文武的奏議，着其即行擬出條陳，頒行天下。隨即立即宣佈退朝，丟下了一幫或喜形於色或面面相覷的朝臣，揚長而去。
儘管幾乎所有的朝臣對於那些驕橫不法、作惡多端的藩王宗室並無好感，但此事畢竟關乎大明祖制、太祖血脈，在接下來的幾天裏，還是有多人上疏駁奏，聲言此事與國家法度和祖宗家法不符，其中言辭最爲激烈的是除了剛剛被平叛軍禮送回京，已雙雙升任翰林院從五品侍講學士的趙鼎和齊漢生兩人之外，還有一位青年官員趙貞吉，他是徐階於嘉靖十七年任會試考官時取中的進士，庶吉士散館之後任翰林院正七品編修，去年才升任國子監正六品司業。
經歷了去年那場曠日持久的新政之爭，朱厚熜算是見識到了那些一心想着諫言立德、致君堯舜，又年輕氣盛的言官詞臣的風骨，對他們愛也不是，恨也不是，更是沒有辦法，只好將他們的奏疏都留中不發，吩咐各位內閣輔臣“看好自己的門，管好自己的人”。不用說，那些青年官員都無一例外地受到了宗師座主的呵斥，他們固然心意難平，但也不好公然忤逆聖心師意，鬧騰了一陣子也就平息了下來。
所謂“聖天子明見萬里”，朱厚熜在苦心孤詣地謀劃變革《宗人法》，將那些名爲社稷藩籬，實爲國之巨蠹的藩王宗室變廢爲寶的同時，也不忘安撫遠在南京的張茂、陳世昌和呂芳三人，特下手札曰：“行百裏而半九十，張、陳、呂是也！事已至此，請罪何用，不若好生替朕撫定江南，也好將功折罪。”
這段時間，張茂、陳世昌和呂芳三人率平叛軍主力駐守南京，加緊辦理接收諸事，並四處搜捕漏網逆臣。南都各有司衙門職官屬吏及守備諸軍兵將皆安分守己，接收諸事順利，未起一點紛亂；更抓獲了前南京守備副使、被僞明朝廷特加五軍都督府左副都督銜的靖難軍主帥高得功和前江防提督、特加五軍都督府右副都督銜的副帥黃定國兩人。魏國公徐宏君、信國公湯正中和誠意伯劉計成三位造逆倡亂的勳臣逃匿之後，這兩位官居一品的軍中大將就算是首要重犯了，張茂他們如獲至寶，趕緊將兩人檻送京師。儘管如此，畢竟高得功和黃定國的分量不可與三位勳臣同日而語，張茂、陳世昌和呂芳三人仍提心吊膽，終日惶恐不安。
接到這樣雖有責備之意，卻又不失戲謔的上諭，張茂、陳世昌和呂芳三人懸了許久的心才終於踏實了。斯時江南叛軍大部聞風而降，安思達、楊士衝兩家土司也帶着駐守郴州、漳州、廣信、溫州一線的南蠻異族兵馬倉皇逃回廣西、雲南，只有少數遊兵散勇淪爲強盜，嘯聚山林。前軍營團軍與困守常州的江南遊擊軍會合之後，統歸俞大猷指揮，正星夜兼程，南下浙江、湖廣，與福建、廣東兩省衛所軍聯合掃蕩，江南已無大的戰事。他們就按照原定的方略，由陳世昌和呂芳率左軍留駐南京處理善後及安撫百姓諸事；張茂率中軍、右軍和後軍回師淮揚，圍殲目前仍盤踞在中都鳳陽的前鳳廬總兵，被僞明朝廷特加五軍都督府右副都督銜委爲靖難軍副帥的李明博所部。